呂本中字居仁，元..年間宰相呂公著的曾孫、呂好問的兒子。
年幼時聰明敏悟，呂公著十分喜愛他。
呂公著去世時，宣仁太後和哲宗親臨祭奠，衆多孩童立于庭下，宣仁太後獨自讓呂本中進見，撫摸着他的頭說“：孝于親，忠于君，孩兒當以此自勉。
”
祖父呂希哲從師于程頤，呂本中見聞都很熟悉。
稍長，與楊時、遊酢、尹火享交遊，三人中或有疑異，呂本中未曾苟同。
因呂公著遺表恩澤，被授予承務郎。
紹聖年間，黨争興起，呂公著被追貶官，呂本中也受到牽連。
元符年間，任濟陰主簿、秦州士曹掾，辟舉為大名府帥司幹官。
宣和六年(1124)，任樞密院編修官。
靖康改元，遷任職方員外郎，因避父親嫌疑奉祠。
父親去世，為之守喪，守喪完畢，召任祠部員外郎，因病請求離職。
再直秘閣，主管崇道觀。
紹興六年(1136)，召赴朝廷，特賜他進士出身，擢任起居舍人兼權中書舍人。
太監李琮失掉料曆，高宗因為他是原王府舊人，不用保任特給他。
呂本中說：“如果因異恩别給，不是所謂‘宮中府中當為一體’。
”高宗見命令被收回，很高興，令宰臣對他說：“自今以後有什麼意見，隻管說。
”
階州草場監官苗亘因貪贓敗露，诏令處以黥刑，呂本中上奏：“近來官吏犯法貪污，多被處以黥刑，但四方遙遠，其中不免冤枉，怎麼能夠全部知道？以後覺察他是無辜，即使想平反，又怎麼能做到呢？如果祖宗以來曾用此刑，那麼紹聖權臣當政之時，士大夫死無遺類已經很久了。
希望斟酌用常刑處罰，不要讓奸臣以後世為藉口。
”朝廷聽從了他的意見。
紹興七年(1137)，高宗巡幸建康，呂本中上奏說：“當今的計策，必須先從事恢複故土的大業，求取人才，寬恤民隐，講明法度，詳審刑政，廣開直言之路，使人人得以盡情上達。
然後訓練軍隊選拔将帥，增軍上遊，固守淮甸，使江南先有不能動搖之勢，伺敵有隙，可一舉而克。
如果隻有恢複大業的志向，而沒有相應的對策，國家根本未強大，恐怕會産生其他禍患。
現在江南、兩浙地區賦稅日益增加，鄉裡疲敝，倘若遭到水旱之災，壞人起而發難，不知道朝廷怎樣