與思州知州田汝弼相互不和，等到田汝弼逝世，譚汝翼帶領二千士兵趁喪攻伐。
田汝弼之子田祖周領兵深入内地予以報複，戰争在三州境内進行，施州、黔州大為震動。
譚汝翼再次修繕铠甲和兵器，計算丁壯，用重金向各少數部族借兵，又向帥府請求援兵。
林栗說“：譚汝翼其實是導緻戰亂的人。
”他傳達命令停止用兵，選派屬員前往，暫時掌管兵權，以此慢慢收回譚汝翼的兵權。
下令兵馬钤轄出巡檢閱各州，密令到達施州，暫止代理知州。
譚汝翼沒有覺察，不久才倉皇逃往成都。
事情傳至朝廷，孝宗親自寫信給林栗及成都制置使陳岘說“：田氏是羁糜州郡，譚氏乃是夔州路豪族，又首先挑起事端，安撫使司不能鎮壓，縱容他們發展到這樣的地步。
如果他們仍不悔改，不妨用兵，鏟除首惡。
”當時譚汝翼在成都，聽到消息後逃回家鄉，調家丁并征發八砦義軍，列陣于沱河橋與官軍作戰，譚汝翼被打敗後逃走，俘虜四十三人，繳獲铠甲器仗三萬一千件。
林栗挑出九名罪大惡極者處斬。
田祖周因此害怕，與他的母親冉氏合謀獻出黔江田業，以錢九十萬缗贖罪，少數部族邊界地區于是安定。
不久譚汝翼入京狀告林栗接受田氏賄賂，皇帝下诏以譚汝翼為屬吏，省劄下達夔州。
林栗親自起草奏狀繳還省劄，并為自己辯護。
皇帝大怒，幸好近臣中有人從中解救，不久林栗以身為帥臣，擅自抵制皇帝命令獲罪，降級罷官歸家。
事後大理寺追查究問，事情被弄清楚了，寬免譚汝翼死罪，拘禁于紹興府。
沒過多久，皇帝下诏稱林栗多次變更職務，清高耿直有聲望，複官直寶文閣、廣南西路轉運判官，就地改任提點刑獄，後來又改任潭州知州。
林栗官拜秘閣修撰，晉升為集英殿修撰、隆興府知府。
皇帝在便殿召見林栗，林栗上奏乞請仿唐制設置左右補阙、左右拾遺各一名，不以糾察彈劾為職責。
皇帝采納了他的建議。
林栗被任命為兵部侍郎。
朱熹以江西提點刑獄之職召回朝廷任兵部郎官，他進入京城後，卻沒有去上任。
林栗曾與朱熹相見，議論《易》與《西銘》意見不一。
至此，林栗派遣屬吏催促朱熹上任，朱熹以腳病請假。
林栗于是上奏：“朱熹本無學術，隻是竊取張載、程