剛過了幾天，李焘就被征召。
陳居仁極力請求到地方任職，于是他被任命為徽州知州。
皇上命令他入朝向皇上辭别，對他進行慰勉、告誡。
他到徽州後，宣布說天子節約經費對百姓施以仁愛，不能推廣恩德，官吏就有罪。
于是招集三衙軍，在庭中樹起二個标志，有納稅符合标準卻遭到抑退的人，拿着自己交納的東西站在标志下，親自觀看，人不滞留，官吏不能處理，納稅的人常常是帶着多餘的稅物而回。
鄰州有訴訟，多到台省請求讓陳居仁決斷。
陳居仁任官期滿後，當地人挽留他，他走小路才得以離開。
陳居仁入朝奏對，皇上用新安的政績獎勵他。
他請求把隆興以來發布的寬恤诏令編輯分類，其中說道：“法令時間長了就容易忽視，事情時間長了就容易懈怠，隻有嚴加戒饬，使人們在思想上有所警惕，那就會千萬年如一日。
”皇上說：“很有道理。
”他又說：“朝廷對歸正的人和忠順的人，過于優待，而對戰士反而不重視。
戰士們出生入死建立功勳，如今老了，添差已被罷去，廪食也隻給一半，甚至在市上乞讨，軍士解體。
請朝廷對他們加以優撫，來表明國家始終感念他們的功勞，使後來的戰士堅定報國之心。
”皇上看後很高興。
恰好皇上在白石閱兵，就命令給戰士再添差兩任，衣糧全給，三軍因此而歡欣鼓舞。
陳居仁留任戶部右曹郎官，诏命沒下達，朝廷正為《會要》編成而論功行賞，皇上說“：陳居仁的政績是天下第一，可因此一起獎勵他。
”他特被轉為朝議大夫兼權度支，又兼權禮部。
恰好樞密院缺額，正在選拔人員，皇上說“：哪有陳居仁這樣的人才可以久任郎官呢？”就授予他樞密院檢詳文字，不久為右司，升為左司，又升為檢正中書門下省諸房公事，曆兼左藏諸庫。
陳居仁親閱案卷，曾說：“有罪的被免罪那麼有冤屈的人上哪裡去申告，被誣陷冤枉的七個人都應該叙複。
”執政不同意，陳居仁退去，寫明他們的冤情呈上。
皇上說“：陳居仁辦事精密确當，還有什麼可懷疑的。
”因天旱下诏征求直言，陳居仁請求命令公卿務必實行寬大的政策，禦史京镗透徹地論述施政太嚴的弊病，這種風氣沒有改變。
陳居仁以吏部尚書的身份出使金國，回來後，升為起居郎，不久兼任詳定一司敕令兼權中書舍人，對朝廷的泛恩濫賞，他都給以封駁，無所回避。
他還說“：恩惠不波及一般百姓，名義上放寬對拖欠稅賦的征收，實際是