任峽州知州，以防守巴蜀長江出口。
朝廷任命趙與..擔任淮南制置使，李應庚擔任參議官。
李應庚指揮兩路兵駐紮南城，大暑中渴死的有幾萬人。
李..觀察他沒有謀略，攻奪漣水三城，渡過淮河攻奪南城。
鄂州兵解圍，李庭芝服母喪離職。
朝廷議論選擇駐守揚州的将帥，理宗皇帝說：“沒有哪個比得上李庭芝。
”于是奪情主管兩淮制置司事。
李庭芝又打敗李..的軍隊，殺死李..的将帥厲元帥，平定南城而回。
第二年，又在喬村打敗李..，攻下東海、石圃等城邑。
又第二年，李..投降，遷徙三城的民衆到通州、泰州之間。
又攻破蕲縣，殺死守将。
李庭芝初到揚州的時候，揚州剛剛遭受水災，房屋全被燒毀。
揚州依靠鹽業獲得利益，而制鹽亭戶大多逃走，公私鹽業都很蕭條。
李庭芝全部貸給民衆所負的欠款，借錢給他們修房子，房子做成後又免除了他們所借的錢，共一年，官府民居都修好了。
開鑿運河四十裡到金沙、餘慶鹽場，以節省車費運輸。
同時還疏浚其他運河，放免亭戶負鹽二百多萬。
産鹽戶民衆沒有車運的勞苦，又能夠免除所負的鹽債，逃出去的人都跑回來了，鹽業之利于是迅速興盛。
起初，平山堂鳥瞰揚州城，大元兵至時，就構築望樓在其上，擺開車弩以射城中。
李庭芝于是修築高大的城牆圍起來，募集汴京以南的流民二萬多人充實城中的人口，有诏令命為武銳軍。
又大修學校，教以《詩》、《書》，做俎豆，與士大夫們修行習射之禮。
郡中發生水旱災荒，即命令打開官庫，庫藏不足就以自己的私人财産來赈濟災民。
揚州的民衆感恩戴德，敬之如父母。
劉..從淮南進京入朝，理宗皇帝詢問他淮南的事情，劉..回答說：“李庭芝老成謹慎，軍民相安。
現在邊防不感到驚懼，百事都已做好準備，都是陛下委任的人選所取得的成效。
”
鹹淳五年(1269)，北方元兵圍攻襄陽，戰事緊急，夏貴入援襄陽，大敗于虎尾州；範文虎調集各路兵丁再次援襄陽，又被打敗，範文虎以輕舟小船得以逃走，兵卒大亂，士卒掉入漢水被溺死者很多。
冬天，朝廷命李庭芝以京湖制置大使督師入援襄陽