辭謝這一任命。
等到朝廷對納糧救災的人實行獎賞以後，朱熹才接受了這一職務。
他入朝對答皇帝提問，首先陳說災異發生的原因和修養德行、任用人才的關系，其次說道：“陛下即位當政初期，曾選拔傑出的英雄豪傑，委任以國家政事，不幸的是這中間不能全部得到合适的人選，因此，不再廣泛求取賢哲人士，而暫時任用了一些性情柔和不得罪人而又容易控制的人以充任這些職務。
于是皇帝左右的人，私自怠慢并使喚他們從事低賤的工作，侍奉于宴會之間，以供呼喚使用，因而宰相的權力日益減輕。
又擔心他們的權勢有所偏重，而又借用權力重大來蒙蔽自己，就時常聽取外廷的議論，将以暗地察訪這些人違紀犯法的事實而從嚴從速地查辦他們。
陛下既然不能夠遵循天理、公正本心，用以端正朝廷綱紀，早已失去治國根本，而且又想兼聽士大夫們的不同意見，作為駕馭群臣的辦法，那麼士大夫進見皇上有一定的時間規定，而陛下親近的宦官則可以從容而沒有間隙。
士大夫們端莊有禮而難以親近，他們的議論又苦澀難以入耳，陛下寵幸的宦官其逢迎谄媚之态就足以蠱惑陛下的心術與志向，那些小吏狡詐詭變的伎倆又足以迷惑陛下的視聽。
因此陛下雖然想稍稍抑制這些小人之輩，然而這些小人們的勢力卻一天天加重，陛下雖然想廣泛采納公論，而士大夫的勢力卻一天天減輕。
權重的小人既可以憑借他所掌握的重要權力，進一步竊取陛下的權力，權輕的人又借助于權重的小人，作為自己竊居官位，鞏固寵信的方法。
這樣日積月累，漸漸損失權力，使陛下的德行基業一天天地毀壞旁落，國家的法度一天天地受到破壞，奸佞谄媚的人充塞朝廷，賄賂公行，士兵悲愁，百姓怨憤，盜賊不時發生，災禍怪異多次出現，災荒饑馑重新又來。
奸邪小人互相引薦，人人都得以滿足自己的私欲，惟有陛下一無所得，而且獨自承受這些弊端的禍害。
”皇帝聽後感動不已，臉色都改變了。
朱熹所奏的一共七件事，親自書寫其中的一、二件事以防洩露秘密。
朱熹剛接受任命，就寫信到其他州郡，招募米商，免除稅錢，等朱熹到任時，外地船隻運來的大米已彙集到這裡了。
朱熹每天外出調查訪問百姓的疾苦，走遍浙東全境，單人獨車，不帶随從，所到之處，人們都不知道他來過。
州縣官吏害怕他的嚴峻的作風，有些人甚至自行離職而去，他所管轄的地區風紀肅然，部下崇敬他。
凡是丁錢、和買、役法、榷酤這一類政事，有不方便而禍害百姓的地方，全部加以改正和革除。
在救濟災荒之餘，他都根據實際情況謀劃處理，必定做出長久的打算。
有人攻擊朱熹，說他不盡心而疏略于政事，皇上對王淮說：“朱熹治理政務的确有很可觀的政績。
”
朱熹因為前後幾次奏請多數被擱置，僥幸得到采用的，也都拖延遲緩耽誤了時間，蝗蟲旱災相互頻繁出現，他不勝憂憤，又上奏疏說：“為現在打算，隻有決斷出自皇上自己的意志，迅速發布诏令，責備自己并征求直言，然後君臣互相告誡，痛下決心反省改正。
其次，拿出内庫全部錢财，把供給帝王大禮的費用改為收籴糧食的本錢，诏令戶部免征百姓所欠舊債，诏令轉運使根據條例檢查放免百姓租稅，诏令宰相大臣淘汰受災路地區的州、軍監司、地方官吏中沒有政績的人，審慎選拔賢能之士，責成他們實施救濟災荒的政策，這樣也許還能下結民心，消除災民乘災荒之際叛亂的打算。
不這樣的話，我恐怕所憂慮的不止于饑餓死的人，而将在于叛亂的盜賊；蒙受其害的不僅僅是官吏，而且要涉及到危害上面的國家政權了。
”
台州知州唐仲友和王淮是同鄉并結為親家，吏部尚書鄭丙、侍禦史張大經一起推薦他，遷升為江西提刑，還沒有上任。
朱熹巡行視察到台州，控告唐仲友的人很多，朱熹調查到事實，三次上奏章彈劾唐仲友，王淮把朱熹的奏章隐藏起來不報告給皇上。
朱熹更加緻力彈劾他，唐仲友也上奏章為自己辯解，王淮才把朱熹的奏章進呈給皇上，皇帝命令宰相大臣們詳細審查，都司陳庸等人要求下令浙西提刑委派清廉能幹的官員去追查核實，仍舊命令朱熹迅速趕往遭受旱災侵害的州郡視察。
朱熹當時留在台州沒有走，不久接到這道诏令，愈加上奏章彈劾唐仲友，前後上了六道奏章，王淮迫不得已，取消唐仲友的江西提刑的新任命轉授給朱熹，朱熹拒絕不接受，于是回鄉，并且要求一個宮觀閑職。
當時鄭丙上疏诋毀程氏的學說來敗壞朱熹，王淮又提拔太府寺丞陳賈為監察禦史。
陳賈在與皇上面對面地論說時，首先論說近日士大夫中有所謂“道學”之人，大多是借助道學之名來宣傳騙人的學說，希望朝廷考察這些人，清除他們不再任用。
大概指的是朱熹。
淳熙十年(1183)，诏因朱熹多次請求祠觀，可以派遣他主管台州崇道觀，不久接連主管雲台觀、鴻慶觀達五年時間。
淳熙十四年(1187)，周必大任宰相，任命朱熹為提點江南西路刑獄公事，朱熹因生病辭謝任命，朝廷沒有同意，他于是赴任。
淳熙十五年(1188)，王淮罷相，于是朱熹進奏，首先論說近年來刑罰處理不得當，獄官應該選擇合适的人擔任。
其次接着說經制錢、總制錢損害百姓，以及江西路各州縣攤派課罰的弊端。
奏章最後說“：陛下即位已經二十七年，因循守舊而時間漸移，沒有一尺一寸的功效可以回報陛下自己的志向。
我曾經反複考慮這件事，莫非是宴飲閑談于深宮之中，沒有表明待人接物的心地，天理有些不純正，人的欲望有些沒有止境，因此好的事情不能做到底，鏟除惡事不能斷它的根，一閃念之間，公與私、邪與正、是與非、得與失同時交替出現于思想之中。
因此，陛下以禮相待大臣并非不厚，然而阿谀逢迎谄媚讨好的近臣小人也能得到陛下寄托心腹的重任；陛下日夜追求英豪之士并非不迫切，然而柔弱奸邪平庸乖謬之輩也能夠長久地竊掌朝廷大權。
并非陛下不樂于聽取公平正直的議論，然而有時不能容納這種議論的存在；并不是陛下不憎恨讒言惡行，然而不免誤聽偏信；并不是陛下不想為祖宗報仇，然而不免畏懼怯懦而圖一時安逸；并不是陛下不愛護和培養百姓的财力，然而不免要發出歎息産生愁怨。
希望陛下從今以後，對于一閃之念必須謹慎對待仔細審察；這是天理呢？還是人欲呢？果然是天理，就慎重地對它加以擴充，而不讓它受到一點蒙蔽阻塞；如果真是人欲，就慎重地克制這個念頭，而不讓它在自己的頭腦中稍有滞留。
把它推廣到一言一行之間，用人處事之際，沒有不用這一标準加以衡量，那麼陛下的聖心就能通達，朝廷内外融合透徹，沒有一絲一毫的私利欲望可以隐身于兩者之間，而天下的事情将隻根據陛下所想的進行，沒有什麼事會不合乎陛下的志向心願。
”朱熹這次赴京，有人在路上攔住他，認為“正心誠意”這種論調皇帝很讨厭聽到，告誡他不要說這種話。
朱熹說“：我平生一輩子所學習的，隻有這四個字，怎麼可以隐瞞不說以欺騙皇帝呢？”等到他上奏時，皇帝說“：很久沒有見到你了，浙東的事情，我已經知道，現在應該安排你一個高尚而重要的職務，不再用州縣的瑣事來麻煩你了。
”
當時曾觌已經死了，王扌卞也被驅逐，隻有内侍甘..還在任職，朱熹極力彈劾他。
孝宗說“：甘..是德壽(高宗)舉薦的，說他有才能。
”朱熹說：“小人沒有才能，怎麼能夠打動皇帝。
”第二天，任命朱熹為兵部郎官，朱熹以腳病請求祠觀的職務，兵部侍郎林栗曾經和朱熹讨論《周易》、《西銘》，兩人意見不合，這時他彈劾朱熹說“：朱熹本來沒有什麼學問，隻會竊取張載、程頤的殘餘東西，稱之為‘道學’。
朱熹所到之處都帶上門人學生數十人，妄想仰慕孔子、孟子經曆幾次聘任的風尚，要挾索求高價，不肯就任朝廷任命的職務，他的這種虛僞不可掩蓋。
”孝宗說“：林栗的話好像太過分了。
”周必大說朱熹上任的那天，腳病沒有痊愈，勉強登殿答對。
孝宗說“：我也見到他走路一跛一曳的。
”左補阙薛叔似也上奏聲援朱熹，于是讓他仍舊擔任原來的職務江西提刑。
太常博士葉适上疏與林栗辯論，說林栗的話沒有一句是事實“，稱之為道學”這句話，尤其沒有事實根據，過去王淮和台谏官裡外呼應，陰謀廢棄正直君子，正是用的這種辦法。
孝宗下诏說：“朱熹昨天入宮答對，所談論的都是新任職務的事情，我相信他的誠意，再次聽從他的請求，他可以迅速赴任就職。
”恰逢胡晉臣任侍禦史，首先抨擊林栗固執拗戾不通，喜歡與自己意見相同的人，憎恨與自己意見不同的人，沒有事實根據指責學者結黨營私，于是罷黜林栗，讓他擔任泉州知州。
朱熹再次辭謝任命，孝宗委任他直寶文閣，主管西京嵩山崇福宮。
沒有一個月再次召他赴任，朱熹又推辭了。
當初，朱熹曾認為用口述上陳的方法不能把自己的想法和意見全部說出來，