風氣的敗壞，他說：“君臣上下隻有同心一德，而後平時才有所裨益，緩急才會有所依靠。
假如人人都各自為謀，那麼國家的禍亂就沒有停止的時候了。
今天我們士大夫中間許多人表面上服從朝廷而心裡卻暗中非議，習慣于阿谀奉承而行為卻非常醜陋，這樣下去，臣實在很為國家擔心。
皇帝何不考察人心的邪正，推測事變的相因和隐伏，擴大規模，多聚集些人才，這樣，遇到事變庶幾不會有缺人之歎。
”他說的話都非常符合當時的實際，毫無忌諱和回避，可是這樣一來，當時的宰相就對他開始不高興了。
甯宗逝世後，理宗以宗室入朝即皇帝位，時事突然發生了變化，魏了翁因而積憂成疾，他三次上疏要求閑職都得不到批準，後調任起居郎。
明年，改元寶慶，由于雷聲響的不是時候，理宗有“朕心終夜不得安甯”的話。
魏了翁于是入對，他說：“人君的心是義理所居的地方，這就叫作天，不是說這個心以外還另外有什麼所謂天地神明的東西。
陛下何不就心的不安而尋求不安的道理，陛下面對天地，事奉太母，接見群臣，親自講讀，都應該遇事情反求于自己，這樣就會建立根本而沒有什麼事情不可以做的了。
”他又說：“現在學校教學的目的不明确，風俗輕浮淺薄，使立在朝廷中的沒有犯顔敢谏的忠臣，而碰到危難時又沒有敢仗義死節的勇士。
陛下應該征求碩儒，大力闡明正學，計劃做長治久安的打算。
”他又請求皇帝明确命令大臣，在對官員的選拔過程中，要秉着公心聽取意見和全面地進行觀察，隻有這樣才能與選拔官吏的實際意義相符合，而品德高尚和有才能的人才會都出來做官。
适逢濟王遭廢黜削奪而死，官吏們心存疑慮和觀望，辦理濟王的喪葬不夠虔誠。
魏了翁在每次朝見皇帝時卻總請求皇帝敦厚人倫和紀綱，以便消除人們的議論。
當時應诏命奏事的人有十幾個，朝中的士大夫隻有魏了翁與洪咨夔、胡夢昱、張忠恕所說的能夠援引義理谏诤皇上，說得最為懇切和透徹。
而魏了翁也因此請求以病辭官。
右正言李知孝當時上疏彈劾胡夢昱，使他谪竄嶺南，魏了翁出關為胡夢昱送行，李知孝遂指責魏了翁最先倡導異論，準備上疏彈劾，但史彌遠在表面上還表示對魏了翁的優待和寬容。
不久，皇帝命令魏了翁暫時代理尚書省的工部侍郎，魏了翁極力以病推辭，于是就以集英殿修撰的名義知常德府。
過了兩天，谏議大夫朱端常彈劾魏了翁欺世盜名，說他和奸邪小人拉幫結黨诽謗朝廷，皇帝于是下诏把魏了翁降官三級，并命令他到靖州居住。
起初，魏了翁再次入朝時，史彌遠本想援引他做自己的幫手，但是魏了翁一臉正氣，毫不屈服，他從來沒有以私人的身份去拜谒過史彌遠。
因此三年之中，他隻能按正常的秩序提升，從來沒有居于重要的地位。
魏了翁到靖州後，湖、湘、江、浙的儒生，都不遠千裡背負書箱來從他學習。
他撰寫了《九經要義》一百卷，該書考訂精密，為過去儒學所沒有。
理宗紹定四年(1231)，魏了翁恢複了官職，