；如分别襄、黃二帥的是非；如探究發現黃陂叛卒的利害；如分任各将帥區别，處理降附的人員等。
魏了翁回朝六個月，前後二十多次上奏，都是有關當時的急務。
皇帝将引用他共同主管政事，可是妒忌他的人卻相與合謀共同排擠他，這樣魏了翁就不能在朝中安身了。
當時的執政故意說皇帝身邊的近臣隻有魏了翁最懂得軍事和最體察國情，因此魏了翁被委任為端明殿學士、同佥書樞密院事，去督視京湖的軍事。
這時恰逢江、淮的督府曾從龍以憂愁和恐懼，得病逝世，遂把江淮也一并托付給魏了翁。
但這樣一來，朝廷的輿論卻因而大駭，群臣都認為這樣做不可，三學士也都上書争辯。
這時邊防警報紛至沓來，皇帝心裡非常焦急，魏了翁為了避開事情的嫌疑，曾五次上疏辭職都沒有被批準，反而被授予開府讓其自辟幕僚，以及宣押同二府一樣奏事的權力，皇上對他的關懷鼓勵慰勞尤其是無微不至。
不久，魏了翁又兼提舉編修《武經要略》，恩寵和禮遇同宰相、樞密使等執政一樣，又進封為臨邛郡開國侯，并賜便宜诏書，像張浚過去的故事。
當魏了翁向朝廷告别的時候，皇帝還當面賜給他禦筆親寫的唐人嚴武的詩及“鶴山書院”四個大字，又賞賜了金帶、鞍馬，同時命令宰相為他于關外餞行。
魏了翁離開朝廷後，選擇了長江下流的中間，在江州開設了幕府，他申明軍紀，儆戒将帥，調遣援兵，褒獎忠勇死難的官員，廢黜退縮怯懦的将領，并上奏邊防十件事。
剛滿二十天，他就被召為佥書樞密院事，趕赴朝中奏事，當時他以病竭力推辭，不肯拜受。
魏了翁的忽去忽回，是由于朝中的一些人，開始時策劃利用他督視京湖軍馬的機會使他離開朝廷，等到他離開朝政以後，又以他在江、淮建立督府的事為非，對他進行攻擊，雖然當時在表面上對魏了翁好像恩寵有加，可是他在督府奏的事情，卻動不動受到他們的牽制，而且最後又突然召他回來，這些前後所發生的事情，卻都不是出于皇帝的本意。
不久，魏了翁被改任為資政殿學士，湖南安撫使、知潭州，他又再一次的力辭，诏命讓他提舉臨安府洞霄宮。
沒有多久，他被改知紹興府、浙東安撫使。
理宗嘉熙元年(1237)，他又改知福州、福建安撫使。
他屢次上疏，請求退職，诏令都不允許。
後來他生命垂危，再一次上疏。
他的學生來探望他的病情，魏了翁仍衣冠整齊地和他們互相問答，并且說：“我平生安排自己，澹然無所經營。
”當他談到蜀兵的亂事，額頭還皺了許久，最後他口授了遺奏，不一會兒才拱手而逝。
十天後，诏命方到，令他以資政殿大學士、通奉大夫退休。
他的遺表奏聞後，皇帝非常震驚哀悼，為他停止視朝，感歎有用才不盡之意。
下诏追贈魏了翁為太師，谥号“文靖”，并賜第宅于蘇州，又累積贈他為秦國公。
魏了翁生前所著的書有：《鶴山集》、《九經要義》、《周易集義》、《易舉隅》、《周禮井田圖說》、《古今考》、《經史雜抄》、《師友雅言》。