月任司空，于三年（198）正月，“初置軍師祭酒”。
郭嘉擔任的司空軍祭酒，即司空府下的軍師祭酒，是參謀軍事的官職。
從此，郭嘉就做了曹操麾下的軍事高參，為曹操嘔心瀝血地謀劃軍機。
當時的曹操，既取衮州，又迎漢獻帝至許都，“挾天子以令諸侯”，取得了政治上的主動權。
在建安元年，又采納毛玠、棗祗等人建議，屯田許下，收獲糧食百萬斛，為解決軍糧供應問題提供了良好的經驗。
當然，如果與袁紹相比，曹操占有的地盤狹小，兵馬不足，勢力尚弱。
郭嘉能果斷地棄“強大”的袁紹于不顧，而選擇勢弱的曹操作為自己安身立命之主，這充分表現了他深邃的眼光和決斷才幹。
二、策清中原
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曹操自在衮豫二州建立根據地以來，屢次征伐，各個擊破群雄，解除後顧之憂，以便将來與袁紹放手一搏。
首先，193年，曹操父親由華縣回鄉，被徐州牧陶謙所部軍兵殺害。
操聞訊怒不可遏，率軍報仇，連拔10餘城，陶謙敗退至部城。
次年夏，他又二征徐州，在泗水活埋男女數萬人。
不久，陶謙憂病而死。
進行這兩次軍事行動時，郭嘉尚未投奔曹操。
但《三國演義》卻描寫郭嘉曾參與謀劃其事，這是小說家言，自然不值一辯。
其次，攻滅呂布。
呂布，字奉先，五原郡九原（今内蒙古包頭西北）人。
他原來是并州刺史丁原的部将，卻賣主求榮，殺了原投靠董卓；後來又殺董卓，依附王允。
此人“剛而無禮，匹夫之勇”，是一個政治上反複無常的典型人物。
他被李傕、郭汜驅逐出長安後，如同喪家之犬，四處奔走。
他先依袁術，再投張揚，複奔袁紹。
當曹操讨伐徐州時，不料後院起火，衮州後方發生了叛亂。
陳留太守張邈在陳官勸說下，迎接呂布，企圖趁機奪占衮州。
幸虧荀彧、程昱等堅守鄄城、範縣、東阿三城，使曹操尚可以進退有據。
曹操聞訊後，引兵回救，在定陶、矩野兩役，大敗呂布，才安定局面。
呂市戰敗後，逃到徐州依附劉備，以後又襲取了劉備的下邳（今江蘇邳縣），自稱徐州牧。
劉備喪失根據地之後，便率衆來投曹操。
《三國演義》第十六回寫道：“操待以上賓之禮。
玄德備訴呂布之事，操日：‘布乃無義之輩，吾與賢弟并力誅之。
’玄德稱謝。
操設宴相待，至晚送出。
苟彧人見日：‘劉備，英雄也。
今不早圖，後必為患。
’操不答。
或出，郭嘉人。
探日：‘苟或勸我殺玄德，當如何？’嘉日：‘不可。
主公興文兵，為百姓除暴，惟仗信義以招俊傑，猶俱其不來也；今玄德素有英雄之名，以困窮而來投，若殺之，是害賢也。
天下智謀之土，聞而自疑，将裹足不前，主公誰與定天下乎？夫除一人之患，以阻四海之望，安危之機，不可不察。
’操大喜日：‘君言正合吾心。
’次日，即表薦劉備領豫州牧。
程昱谏目：‘劉備終不為人之下，不如早圖之。
’操日：‘方今正用英雄之時，不可殺一人而失天下之心。
——此郭奉孝與吾有同見也。
’遂不聽昱言......”此事《三國志·郭嘉傳》裴松之注引《魏書》所記大略相同，在這一件小事上，反映出了權謀者的戰略眼光，曹操與郭嘉同列，連荀彧與程昱這樣出名的智囊人物都趕不上。
雖然暫時籠絡住了劉備，但曹操的處境卻不無困難。
其時，北有袁紹、公孫瓒，南有袁術、劉表、孫策、劉境、張魯，西有馬騰、韓遂、張揚，東有呂布；衮豫二州又處在四戰之地，曹操集團實在是四面受敵。
曹操與他的謀士們，日夜分析形勢，研究如何才能擊破中原群雄。
他們意識到自己處于内線作戰，又面臨敵強我弱的不利态勢；袁紹自然是最主要的敵人，而目布卻是最兇惡的敵人。
如此，最終确定了“先弱後強，各個擊破”的戰略方針。
建安三年（198）秋，曹操決定東征呂布。
對此，曹軍内部曾有不同意見，一些将領認為劉表、張繡在後，遠征呂布，隻怕有危險。
之前，曹操詢問荀彧和郭嘉的意見：“今欲讨不義，而力不敵，何如？”荀彧主張先打呂布，認為“不先取呂布，河北（指袁紹）亦未易圖”。
郭嘉也說：“袁紹正于北方圍攻公孫瓒，可以乘此機會，東取呂布。
如不先消滅呂布，一旦袁紹來犯，呂布再出兵援助他，那就為患大矣。
”另一位謀士荀攸也認為：“呂布骁勇無比，又依仗袁術幫助，如果任他縱橫于淮水、泗水之間，一些豪傑一定會響應。
現在乘他剛剛反叛之機，内部還衆心不一，立刻前去攻打，必然能夠成功。
”
在衆謀士的籌畫下，這年秋，曹軍親率大軍東村。
十月，攻下彭城，呂布退保下邳。
曹軍把下邳重重包圍起來，曹操再寫信勸呂布投降。
呂布本有降意，但謀士陳官勸說他死守下邳，又派人沖出包圍去袁術那兒求救。
由于呂布率将土拼死守城，曹軍猛攻了将近兩個月，小小的下邳城競堅不可摧。
久攻不克之下，曹操心内焦急，加之軍隊連戰不休，将土疲憊不堪，糧草給養又供應困難，便準備班師回許都，休整部隊，再作考慮。
疲師遠征本為兵家所局，大軍屯堅城之下，若久攻不克，尤為不利。
現在，曹、呂兩家都已疲憊不堪，誰能再堅持下去，誰就有獲勝的希望。
在這個關鍵時刻，聽說曹操準備退兵，衆謀士都非常焦急，荀攸力勸曹操萬不可撤軍。
郭嘉緊接着說：“過去項羽一生大小七十餘戰，未曾敗北，一朝失勢于垓下，卻身死國亡。
其原因，就在于他依仗自己的骁能善戰，卻少謀略。
如今，目布同樣有勇無謀，而且連吃敗仗，銳氣早已衰竭，勇力已盡。
目布的威力遠不及項羽，而困敗的窘狀卻有過之，若乘勝猛攻，則下邳一定可拔，呂布必将受擒。
”曹操一聽，二人言之有理，遂率軍繼續圍城猛攻。
向曹操進言勿退兵很容易成功。
可無條下邳城内将士、百姓懼怕城破被屠，都拼命死守，如何破城便成為問題的焦點。
一味死政顯然不是上策，此刻，