随着大漢帝國主力兵團的陸續南下，臨近省份的不斷被占領，台灣軍終于無法堅持下去，盡管鄭經依舊對那座龍蟠虎踞的古城戀戀不舍，但時不我與，在戰争形勢如此明朗的情況下，還與林風進行南京會戰的話，那也未免太過愚蠢了一些。
其實，如果就軍事布置而言，在南京戰場台灣軍未必沒有一拼之力，漢軍總參謀部在一塊的布置顯得相當輕蔑，漢軍南下的幾個主力兵團沿着長江一字排開，呈梯隊态勢渡江，正面非常寬廣，兵力非常分散，信心極度高漲，似乎在漢軍面前，已經沒有什麼值得重視的對手了。
就算在南京城下，與台灣軍主力作戰的部隊也僅僅不過隻有兩個軍，總兵力不過三萬多人而已，就兵力而言，雙方幾乎數量相當，甚至台灣軍還略占優勢。
不過還沒等猶豫萬分的鄭經下定決心，沿着京杭大運河迅速南下的馬英兵團就徹底打消了台灣軍的最後一絲幻想。
緊跟着皇帝南下的腳步，公元一六八九年三月初，漢中原兵團都督馬英集結了五個軍近七萬大軍，于徐州誓師出征，沿着京杭大運河，以騎兵第六軍、騎兵暫編第十四軍為主力中軍，以步兵第十一軍為左翼、步兵暫編第十六軍、暫編第十七軍為右翼，水陸并進，鋪天蓋地席卷而來，瞬間占領了蘇北全境，至三月中旬時，最前鋒的騎兵部隊，甚至已經開始竄擾到鎮江府城，對駐紮在南京前線的台灣軍的後勤補給線造成了嚴重威脅。
在這種近乎半包圍的狀态之下，戰鬥已經徹底失去了意義，即使台灣軍能夠擊敗當面的瑞克兵團，那也不能挽回局勢了，于是，在馬英的中原兵團還沒有趕到戰場位置之前，鄭經果斷下令全軍撤退。
一六八九年四月初，台灣延平郡王所屬四萬大軍沿着長江徐徐東撤，分别于鎮江、蘇州、通州登船，經上海縣走海路撤出大陸，分兩路返回台灣、福建。
訊息傳出，整個江南一片沸騰，父老百姓奔走相告，千萬人懸在胸腔的心髒落下地來，台灣鄭經軍的撤退，這就已經标志着江浙的和平，至少，長江中下遊是再也不會發生大規模的戰争了。
被世人遺忘在角落裡的南京守軍尴尬異常，随着近一年的戰火歲月，南京城已經憔悴了很多，在戰争之前，這裡還是人口超過百萬的大城，但是現在，全城百姓加上守城的軍隊，卻連五十萬人也不到了。
負責守衛南京的僞清部隊大體上可以劃分為三個部分，一部分是正兒八經的八旗部隊，包括原本就守備江南的八旗駐軍很自北方開來跟随簡親王喇布進攻吳三桂的京城旗兵，總兵力約莫一萬六千人左右；另外一部分就是漢人僞軍部隊，這一部分軍隊人數不少，約莫三萬四千人左右；最後剩下的一部分身份最為模糊，其中