甲初，總釋名題
乙一，法題。
丙一，釋名
丙次，顯體
丙三，明宗
丙四，論用
丙五，判教相
乙二，人題
甲二，别解文義
乙初，略标大綱
丙初，泛标正法
丁初，問
丁二，答
丙次，标宗大乘
丁初，問
丁次，答
丙三，标示止觀
丁初，問
丁次，答
乙二，廣作分别
丙初，重問
丙二，詳答
丁初，許說
丁二，立科
丁三，解釋
戊初，明止觀依止
己初，分科
己二，各釋
庚初，明何所依止
辛初，标列
辛二，釋成
壬初，出衆名
壬二，釋名義
癸初，标章
癸二，廣釋
子初，釋自性清淨心
子二，釋真如
子三，釋佛性
醜初，略釋
醜二，廣辨
寅初，約不覺辨
卯初，直明心非不覺
卯二，雙顯二佛性義
寅二，約覺辨
卯初，辨智慧佛性
辰初，雙許二義
辰二，約修廣釋
巳初，約迷真起妄成不覺義
午初，明二熏
午二，出名相
午三，明互依
午四，結流轉
巳次，約返妄歸真具二覺義
午初，明能覺淨心義
未初，名字覺
未二，觀行覺
未三，相似覺
申初，正明覺于通惑
申二，兼明漸除别惑
酉初，出别惑之相
酉二，明漸除之由
戌初，因末驗本
戌二，正明滅由
戌三，例後結前
未四。
分真覺
未五，究竟覺
午次，明淨心自覺義
辰三，舉喻結成
卯二，辨報應佛性
卯三，辨出障佛性
卯四，辨平等佛性
寅三，釋餘疑
卯初，釋執性廢修疑
卯二，釋本有不覺疑
卯三，釋自然因緣疑
卯四，釋無明心性疑
子四，釋法身
子五，釋如來藏
子六，釋法界
子七，釋法性
癸三，結成
壬三，辨體狀
癸初，标科略指
癸二，依科廣釋
子初，舉離相以明淨心
醜初，正明淨心離相
醜二，巧示順入方便
子二，舉不一不異以論法性
子三，舉二種如來藏以辨真如
醜初，明空義
寅初，正明空
寅二，問答遣疑
卯初，遣衆生現有疑
卯二，遣何因迷妄疑
卯三，遣無明有體疑
卯四，遣能熏為體疑
卯五，遣因果一異疑
醜二，明不空義
寅初，總立諸科
寅二，随科各釋
卯初，明具染淨法
辰初，明淨法
巳初，明具足無漏性功德法
巳二，明具足出障淨法
午初，明果性惟心所具
午二，明能熏亦唯心所具
辰二，明染法
巳初，立科
巳二，各釋
午初，明具染性
未初，正明
未二，釋疑
申初，釋性不可轉疑
申二，釋兩性相違疑
申三，釋兩業起滅疑
申四，釋性不相除疑
申五，釋互論相違疑
申六，釋本末同滅疑
申七，釋相違不熏疑
午二，明具足染事
卯二，明藏體一異
辰初，立科
辰二，詳釋
巳初，明圓融無礙法界法門
午初，直明法界體一
午二，具明染淨性事
未初，标章
未二，釋示
申初，釋性染性淨俱時具有
申二，釋事染事淨有二差别
酉初，明一時俱具
酉二，明始終方具
午三，正明無礙圓融
未初，法說
申初，明無差而差之理
申二，明全理成事
申三，明全事攝理
申四，明全事攝事
申五，結成差即無差
未二，喻說
申初，喻無差而差之理