參謀長江田撚大佐。
該師團原屬第12軍戰鬥序列，打通平漢線作戰時，調歸方面軍直轄，擔負山東的警備，此時司令部由泰安移駐濟南。
4月6日，獨立混成第7旅團參加打通平漢線作戰後，第59師團又以一部兵力接替該旅團警備地區，同時指揮獨立混成第5旅團和獨立步兵第1旅團。
下轄：步兵第53旅團旅團長田坂八十八少将（後由上坂勝少将接任，司令部設山東張店，擔負青州、濟南及武定地區共13個縣的警備）：獨立步兵第41、42、43、44大隊。
步兵第54旅團旅團長長島勤少将（司令部設泰安，擔負濟南、泰安、曹州地區共19個縣的警備，警備重點是津浦鐵路。
）：獨立步兵第45、109、110、111大隊。
獨立步兵第1旅團旅團長淺見敏彥少将，司令部設山東兖州。
該旅團1944年2月在兖州編成，擔負兖州、濟甯曹州、沂州地區的警備。
下轄獨立步兵191、192、193、194大隊。
獨立步兵第3旅團旅團長柳川真一少将（後由服部直臣少将接任），司令部設石家莊。
該旅團1944年2月編成，接替第110師團擔負真定地區22個縣和渤海地區5個縣的警備，3月30日調歸第63師團指揮，擔負井徑煤礦及平漢線、石太線、石德線警備及确保棉産區。
下轄獨立步兵第195、196、197、198大隊。
獨立混成第1旅團旅團長小松崎力雄少将，司令部設邯鄲。
該旅團自1943年8月開始擔任順德地區14個縣、河南彰德以東附近和沿平漢線向南60公裡一帶地區以及臨律縣的警備。
1944年8月以一部擔負平漢路沿線及重要事業場（邯鄲西南約32公裡的磁縣紙房、發電廠和邯鄲西南約50公裡的六河溝煤礦）的警備。
下轄：獨立步兵第72、73、74、75、76大隊。
上述日軍建制單位大多是1944年上半年新組建的，老兵骨幹少，戰鬥力較弱。