不久，又設計了放毒工作中的必需器材——“毒性測量機”。
1937年7月7日，日本軍國主義者侵入中國的關内。
這時，日本軍部的法西斯分子越發感到侵略中蘇兩國必須以細菌武器為有力武器的必要。
于是，石井就強占以平房車站迤北約4公裡正黃旗屯為中心的2平方公裡的耕地為建造兵營的工地，把正黃旗村的180戶、800人攆到西方去住。
在關東軍軍需部的指導下，奴役幾千名中國勞動人民，大規模地修建了“細菌制造廠”。
外圍工程在1937年完成，1938年進入内部工程的階段。
石井為防止部隊秘密外洩，特使他的同鄉親戚土木建築業者鈴木茂包辦一切，所用的500多名服務人員，也是從故鄉千葉縣招募而來的。
以活人作實驗的“第七棟”“第八棟”包括有大約120間獨身監房，還有特殊試驗室（凍傷研究室和供研究航空衛生用的減壓試驗室）、實驗室、屍體解剖室、标本室以及種種殺人設備，“第三棟”“第五棟”是培育細菌室，“第四棟”“
以上工程及設備陸續建成。
1938年6月到1939年3月，全部遷到平房來。
在所謂“南棟”（哈爾濱南崗）那裡，隻留下部隊的“第三部”和“診療部”的基幹，即檢查病源、測驗毒性、檢查水質的各班和細菌制造班，濾過管制造班以及診療傳染病的部分。
在平房的這個部隊，是擁有月産霍亂、傷寒等腸内細菌各500公斤、鼠疫菌250公斤、炭疽菌200公斤能力的皮帶傳送式生産設備和包含監獄的殺人實驗所和研究初步細菌戰争的機關以及研究細菌的使用方法的機關等的綜合組織體。
1939年5月，日本帝國主義因侵犯哈桑湖邊界，挑起哈桑湖事件。
原想進窺蘇聯領土，不料遭到英勇還擊，打了敗仗。
當時的關東軍司令官