政和中，複資政殿學士。
孫永，字曼叔，世為趙人，徙長社。
年十歲孤，祖給事中沖，列為子行，蔭将作監主簿，肄業西學，群試常第一。
沖戒之曰：“洛陽英隽所萃，汝年少，不宜多上人。
”自是不複試。
沖卒，喪除，複列為孫，換試銜，擢進士第，調襄城尉、宜城令，至太常博士。
禦史中丞賈黯薦為禦史，以母老不就。
韓琦讀其詩，歎譽之，引為諸王府侍讀。
神宗為穎王，出新錄《韓非子》畀宮僚雠定，永曰：“非險薄刻核，其書背《六經》之旨，願毋留意。
”王曰：“廣藏書之數耳，非所好也。
”及為皇太子，進舍人；即位，擢天章閣待制，安撫陝西。
民景詢外叛，诏捕送其孥，勿以赦原。
永言：“陛下新禦極，曠澤流行，惡逆者猶得虧除。
今緣坐者弗宥，非所以示信也。
” 曆河北、陝西都轉運使。
時邊用不足，以解鹽、市馬别為一司，外台不得與。
永奏曰：“鹽、馬，國之大計，使主者專其柄，既無以統隸，苟為非法，孰從而制之？”
加龍圖閣直學士、知秦州。
王韶以布衣入幕府，建取熙河策，永折之曰：“邊陲方安靜，無故騷動，恐變生不測。
”會新築劉家堡失利，衆請戮偏裨以塞責。
永曰：“居敵必争之地，軍孤援絕，兵法所謂不得而守者也。
尤人以自免，于我安乎？”竟用是降天章閣待制、知和州，以詳定編敕知審官東院召還，神守問：“青苗、助役之法，于民便否？”對曰：“法誠善，然強民出息輸錢代徭，不能無重斂之患。
若用以資經費，非臣所知也。
”時倉法峻密，庾吏受百錢，則黥為卒，府史亦如之。
神宗又問：“此法既下，吏尚為奸乎？”對曰：“強盜罪死，犯者猶衆，況配隸邪？使人畏法而不革心，雖在府史，臣亦不敢必其無犯也。
”議複肉刑，事下永。
永奏曰：“刻人肌膚，深害仁政，漢文帝所不忍，陛下忍之乎？”神宗曰：“事固未決，待卿始定耳。
”不果行。
複學士，知瀛州。
河決，于貝、瀛、冀尤甚，民租以災免者，州縣懼常平法，征催如故。
永連章論止，神宗從之，仍命發廪粟以振。
白溝巡檢趙用以遼人漁界河，擅引兵北度，蕩其族帳，遼持此兆釁，數暴邊上，神宗遣使問故，永請正用罪以謝，未報，遼屯兵連營互四十裡，永好谕之曰：“疆吏冒禁，已置之獄矣，今何為者？”敵意解，但求醪□犒師而旋。
進樞密直學士、知開封府。
呂嘉問言，吏欲使都人列肆輸錢以免直。
下府詢究，曹椽以為便。
永占書紙尾，不暇省。
既乃行市易抵當法，貸民錢而為之期，有不能償而死者。
神宗頗知之，嘉問妄變其名以罔聽。
神宗慮立法未盡，诏永及韓維究實。
永奏言：“市算下逮錐刀，為人患苦。
”禦史張琥劾永棄同即異，罷為提舉中太一宮。
元豐中，判軍器監。
有司病皮革不給，嚴隐匿之科，亡賴輩肆情為讦，至婦人冠飾亦不免。
永請聽人以所藏之善者售于官，得貸其餘，讦訟既息，國用亦濟。
出知太原，且行，神宗訪以時務，永言：“近者造戎器倍常，外間謂将有事于征讨。
兵非輕用之物，原轸不戢自焚之戒。
”神宗曰：“此備豫不虞，若四方安平，豈有輕動之理？卿言是也。
”忻、代産鹽，苦惡不堪食，轉運使必欲理之，以盜販闌越之罪罪兵吏。
永言：“鹽，民食也，不可禁；兵，武備也，不可阙。
顧以惡鹽累防兵，非計也。
”诏弛其禁。
入判将作，進端明殿學士。
病不能朝，神宗遣上醫調視，六命近侍問安否，至虛樞密位以待。
辭去益力，提舉崇福宮。
逾年，起知陳州，徙穎昌。
永裕起陵，許、汝當運粟數十萬斛于陵下，調民牛數萬，永請而免。
哲宗召拜工部尚書。
太皇太後下诏求言，永陳保馬、保甲、免役三事最敝，願一切罷去，複修監牧、保伍、差徭之法。
太皇太後皆納之。
元佑元年，遷吏部，又屬疾，改資政殿學士兼侍讀，提舉中太一宮，未拜而卒，年六十八。
贈銀青光祿大夫，赙金帛二千，谥曰康簡。
永外和内勁，論議常持平，不求詭異。
事或悖于理，雖逼以勢，亦不為屈。
未嘗以矯亢形于色辭，與人交，終身無怨仇。
範純仁、蘇頌皆稱之為國器。
論曰：“宋之衰也，人才尚多。
梁焘、王岩叟盡忠事上，凡有過舉，知無不言，雖或從或違，而隐然有虎豹在山之勢矣。
第以新州之舉，于是為過。
故他日紹聖複以借口，使元佑衆賢皆罹其禍，由是再變而為宣、政之奸臣，國日危矣。
鄭雍易其所守，肆擊劉摯，波及者三十人，欲結章惇以取容，然而終亦不免。
小人反複，專務自全，竟何益哉？孫永之為人，庶得其中焉。