席執行官（CEO），曾李青為首席運營官（COO），張志東為首席技術官（CTO），陳一丹為首席行政官（CAO），負責所有行政事務包括後勤，許晨晔則為首席信息官（CIO），負責新聞媒體事務并兼管門戶網站。
一大批優秀的專業人才也在此時被引入騰訊，如财務部經理王齊，行政部經理郭凱天，以及如今的首席财務官（CFO）、集團高級副總裁羅碩瀚。
R線下設三個部門：無線開發部負責手機端的短信業務，經理是鄧延；基礎開發部負責底層技術和服務器維護，經理是李海翔；産品開發部負責QQ客戶端的技術開發及維護，經理是吳宵光。
M線下設綜合市場部和移動通信部。
前者負責全國銷售隊伍的建設及管理，後者負責與三大電信運營商的業務對接，經理分别為鄒小旻和唐欣。
在公司決策上，騰訊形成了總辦會議制度。
每兩周召開一次，參加者為5位創始人和各核心業務部門主管，人數為10～12人。
這個人數規模一直沒有被突破，一直到2013年，騰訊的總員工人數已超過2萬人，總辦會的參與者也不過16人。
總辦會是騰訊最為核心的決策會議，馬化騰要求所有與會者無論日常工作多麼繁忙，都務必前來參加。
每次會議都在上午10點準時開始，一般都要延續到淩晨2～3點，因此是一種非常考驗體力的馬拉松會議。
“Pony喜歡開長會，每一個議題提出後，他都不會先表态，而是想要聽到每一個人的态度和意見，所以會議往往開得很漫長。
”好幾位與會者對我透露過開會的情景。
“在總辦會上，幾乎所有重要的決議都是在午夜12點以後才做出的，因為到那個時候，大家都太疲勞了，常常有人大喊‘太困了，太困了，快點定下來吧’，然後就把一些事情定了下來。
”
一個比較特殊的慣例是，騰訊的總辦會沒有表決制度，根據人力資源部門主管奚丹等人的記憶，“十來年裡，沒有一次決策是靠表決産生的”。
在部門業務事項上，相關責任主管的意見很受重視，“誰主管，誰提出，誰負責”。
在關系到公司整體戰略的事務上，以達成共識為決策前提，若反對的人多，便會被擱置，而一旦為大多數人所贊同，反對者可以保留自己的意見。
在這一過程中，馬化騰并沒有被授予“一票贊同”或“一票否決”的權力，他看上去更像是一位折中者。
不成功的收費試驗
眼瞧着無線業務部門月進百萬的火熱局面，負責QQ客戶端的産品開發部則像一個捧着金飯碗的乞丐，馬化騰融來的錢幾乎都砸在QQ上，可是卻找不到直接獲利的辦法。
第一個被想到的模式，當然是廣告。
早在2000年8月，QQ的頁面上第一次出現了旗幟（banner）廣告，客戶每投放一天需花費2萬元到9萬元不等，按打開次數來計算，每天的廣告曝光可達到4億次，周末達5億次，按“千人成本”來算是非常的劃算。
“當時的投放客戶幾乎都是正在燒錢的互聯網公司，大家互相投放，我在你那裡投廣告，你也在我這裡投一些，大家就都有了收入，其實是騙投資人的。
我們也找很多消費品公司談過，隻有寶潔和諾基亞嘗試性地投放了一些。
”
與新浪等門戶網站相比，騰訊的廣告價格非常低廉，往往隻有前者的1/5，曝光率卻非常高。
可是，因為QQ的面積很小，廣告的展現效果并不好，而且，QQ用戶的年齡偏小，商品購買力令人懷疑，因此，廣告的推廣不順利。
到2000年的12月，騰訊名義上的廣告收入曾一度達到150萬元，可是到第二年的2月，在互聯網寒流的襲擊下，願意到QQ上投廣告的企業越來越少。
吳宵光想到的第二個模式，是會員制。
“我們當時算了一下，QQ用戶已将近1億，如果有百分之一的用戶願意購買我們的服務，就是一筆非常可觀的收入。
”2000年11月，騰訊推出了名為“QQ俱樂部”的會員服務，向付費會員提供免費用戶享受不到的服務，包括具備網絡收藏夾和好友列表保存等功能，還可以選到一個較好記憶的“靓号”，會費為每月10元。
這項業務被寄予厚望，騰訊自稱這是“中國互聯網史上的第一個增值服務業務”，曾李青負責的市場部還專門印制了數十萬張名片大小、标明QQ号碼與密碼的“騰訊會員卡”，雇人在鬧市區和大學校園去大量派送。
可是，在強力的推銷之下，“QQ俱樂部”受到空前的冷落，每個月隻有幾百個用戶願意加入，月收入僅兩三萬元，半年内隻發展了區區3000個會員。
這個結果讓騰訊上下非常沮喪，馬化騰将失敗的原因歸咎于支付方式的缺失。
“當時的中國青年消費者幾乎沒有人擁有信用卡，他們必須要跑到郵局去彙款，很少有網友樂意為了每月10元往郵局跑的。
”由于付費者寥寥，騰訊之前承諾的服務也沒有開發實現，這是騰訊曆史上非常尴尬的一次業務嘗試。
第三個被嘗試的業務，是企業服務。
在相當長時期内，馬化騰堅定地認為，面向企業收費将是QQ最重要的獲利渠道之一。
在2000年年底，騰訊推出面向企業的BQQ（即