投降，召徐輝祖回京，何福陷入孤立無援。
二十八日，諸将與燕兵大戰于靈壁，諸将全軍潰敗，陳晖、平安、禮部侍郎陳性善、大理寺卿彭與明均被擒獲。
五月一日，楊文率遼東兵趕赴濟南，在直沽被擊潰。
七日，盛庸軍在淮河上被擊潰，燕兵渡過淮河，直趨揚州。
指揮王禮等叛降燕軍，禦使王彬、指揮崇剛則戰死。
十九日，燕兵到六合，諸軍迎戰，失敗。
二十日，下诏天下救援京師，派遣禦使大夫練子甯、侍郎黃觀、修撰王叔英分道征兵。
召齊泰、黃子澄還京。
蘇州知府姚善、甯波知府王王進、徽州知府陳彥回、樂平知縣張彥方，各起兵入衛。
二十二日，遣慶成郡主到燕軍中去，讨論割地罷兵之事。
六月初一日，盛庸率舟師敗燕軍于浦子口，再戰不利。
都督佥事陳王宣以舟師叛附燕王。
三日，燕兵渡過長江，與盛庸戰于高資港，官軍潰敗。
六日，鎮江守将童俊叛降燕王。
八日，燕軍到龍潭。
九日，命諸王分守都城，派李景隆及兵部尚書茹王常、都督王佐到燕軍中去，重申割地罷兵之約。
十日，又派谷王朱木惠，安王朱楹前往。
燕王均不理睬。
十三日，遣使者送蠟書四出，催促勤王兵。
十四日，燕兵侵犯金川門，左都督徐增壽圖謀内應，被誅滅。
谷王朱木惠及李景隆叛降，接納燕兵入城，都城陷落。
宮中大火，建文帝不知所終。
燕王遣中使在火中找出帝後屍體，過八天即二十一日安葬。
有的說建文帝由地道出逃。
正統五年(1440)，有僧人從雲南到廣西，詐稱是建文皇帝。
思恩知府岑瑛上報于朝廷。
經審問，是鈞州人楊行祥，年已九十餘歲，投入監獄，過了四個月死去。
與其同謀僧人十二人均貶戍遼東。
從此以後，滇、黔、巴、蜀間，相傳有建文帝當僧人往來的行蹤。
正德、萬曆、崇祯間，諸臣請求續封建文帝後裔，并加廟号谥号，下部讨論，沒有執行。
大清乾隆元年(1735)，下诏廷臣集議，追谥号為恭闵惠皇帝。
評論：惠帝天性仁厚。
登基之切，親賢好學，召用方孝孺等人。
典章制度，銳意複古。
他曾因病而辍朝，尹昌隆進谏，惠帝即刻引以自咎，宣告他疏于中外朝政，自我切責。
又免除軍衛單丁，減免蘇、松重稅，皆使百姓得到很大實惠。
建文朝滅亡後，此期紀年又稱洪武，此後子孫臣民以紀載為嫌，民間傳疑，無不錯誤。
更越聖朝，得經典論定，尊名統一為惠，君主之德得以彰示天下，美啊。