禦史曹亨駐兵通州。
二十三日，郭樸辭官退職。
減免襄陽、鄖陽受災秋糧。
二十四日，總兵官李世忠救援永平，與俺答激戰于撫甯，京師戒嚴。
十月五日，俺答退兵，京師解嚴。
二十三日，告訴群臣商議邊防事宜。
甯夏總兵官雷龍出塞攔擊河套諸部，大敗河套各部。
十一月十二日，在南郊祭天。
當年，廣東盜賊大起，琉球入朝進貢。
隆慶二年(1568)正月九日，給事中石星陳奏六件大事，被杖于宮前階下，貶為平民。
二月十七日，俺答侵犯柴溝堡，守将韓尚忠戰死。
十九日，耕種謖田。
二十七日，到天壽山去，拜谒長陵、永陵。
三十日回宮，減免所過地方田租各有差别。
三月十一日，立皇子朱翊鈞為皇太子，下诏赦免天下。
十五日，廣西總兵官俞大猷征讨廣東盜賊。
十八日，賞賜羅萬化等進士及第、出身各有不同。
二十六日，巡幸南海子。
二十八日，京師發生地震，命百官修身反省。
廣東賊曾一本侵犯廣州，殺知縣劉師顔。
七月二日，盜賊進入廉州。
十九日，徐階辭官退職。
十月三日，減免南畿受災秋糧，赈救淮、徐州饑荒。
二十四日，廢遼王朱憲火節為庶人。
二十九日，免畿内、河南受災秋糧。
十一月七日，宣府總兵官馬芳在長水海子襲擊俺答，又在鞍子山打敗俺答。
十六日，減免江西受災稅糧。
二十三日，在南郊祭天。
二十四日，命令廣東、福建督撫将領一起征剿曾一本。
十二月十六日，世宗神牌附祭于太廟。
二十三日，規定并限制勳戚莊田數目。
這年，琉球入朝進貢。
隆慶三年(1569)正月八日，大同總兵官趙岢在弘賜堡打敗俺答。
二月六日，免陝西受災秋糧。
三月二十四日，曾一本攻陷碣石衛，副将周雲翔殺參将耿宗元反叛，依附于曾一本。
四月十六日，總兵官雷龍出塞襲擊河套諸部并打敗河套各部。
五月七日，總兵官郭成等在平山打敗曾一本，周雲翔被殺。
十一日，禦史詹仰庇請求停止