大學士，參與機要事務。
十二月四日，俺答捉拿叛亂首領趙全等九人進獻于朝，下诏遣返把漢那吉，豐厚賞賜給他。
二十二日，受俘，趙全等分屍棄市。
隆慶五年(1571)二月二日，群臣及朝觐官在文華殿左門谒見皇太子。
二十七日，封皇子朱翊..為潞王。
三月十八日，賜張元忭等進士及第、出身各有不同。
二十八日，封俺答為順義王。
四月三日，邳州黃河再次決口。
五月一日，古田僮賊被平定。
十七日，李春芳辭官退職。
六月一日京師三次發生地震，命令修身反省。
十四日，授予河套部部長吉能為都督同知。
二十四日，順義王俺答進貢馬匹，告訴宗廟接受慶賀。
二十六日，俺答捉拿趙全餘黨十三人進獻給朝廷。
八月十四日，允許河套諸部互市買賣。
九月二十四日，修成三鎮貢市。
十月十日，河南、山東漲大水，重申整治黃河堤防。
十一月十一日，殷士儋辭官退職。
當年，琉球、土魯番入朝進貢。
隆慶六年(1572)正月十四日，修築徐州至宿遷堤防三百七十裡。
二月九日，倭寇侵犯廣東，攻陷神屯衛，大肆搶劫。
山寇又趁機興起。
閏二月十一日，穆宗到皇極門，疾病發作，便匆匆回到宮中。
十九日，倭寇侵犯高、雷等州，被官軍擊敗。
四月十三日，禮部尚書高儀兼文淵閣大學士，參與機要事務。
五月八日，減免廣東用兵各郡欠交賦稅。
二十五日，病危，召大學士高拱、張居正、高儀接受遺命。
二十六日穆宗死于乾清宮，享年三十六歲。
七月三日，上尊谥，廟号穆宗，葬于昭陵。
評論：穆宗在位六年，無為而治，少興營造，勵行勤儉節約，飲食方面每年節省數萬開支。
同意俺答加封進貢，減免賦稅平息民衆，邊境甯靜無事。
他即位遵守先代成法，可稱為是一個好君主。
隻是權臣相互間争權奪利，派别之分逐漸興起，而穆宗并沒能挽救并整治朝綱，革除弊習。
大概是因為寬恕有餘而使朝綱不明罷了。