和嘉興、湖州饑荒。
九月初十，四川巡撫都禦史喬璧星在東川擒獲阿克，賊寇被平定。
冬十一月三十日，朱赓死去。
十二月初五，再次赈濟南畿，免除其稅糧。
這一年，有琉球前來朝貢。
萬曆三十七年(1609)春三月初十，拱兔攻陷大勝堡，遊擊于守志在小淩河被戰敗。
二十九日，大學士葉向高奏請皇帝公布群臣互相攻擊的奏文，以論斷是非、整肅人心，未予答複。
夏四月，倭賊侵犯溫州。
秋九月二十五日，左都禦史詹沂封印私自離去。
二十九日，中止行刑。
當年秋季，福建、浙江、江西發生大水災。
湖廣、四川、河南、陝西、山西大旱，畿内、山東、徐州大鬧蝗災。
冬十二月二十二日，朝廷将畿内、山東諸省所收稅收的三分之一用作赈濟饑民費用。
這一年，日本侵入琉球，抓住其國王尚甯。
哈密入朝進貢。
萬曆三十八年(1610)春三月十七日，賜封韓敬等人為進士及第以及其他不同的出身。
夏四月初二，正陽門樓遭火災。
十六日，以旱災異常為由，要群臣完成自己份内職責，不準互相攻擊。
二十六日，赈濟畿内、山東、山西、河南、陝西、福建、四川饑民。
五月，河南賊人陳自管等人作亂，被官吏擒獲。
冬十月辛醜日，中止行刑。
十一月初一，有日食。
二十七日，以缺乏軍饷為由，要廷臣陳述充倉足庫之策，而且不得從宮内撥出金帛。
這一年，烏斯藏入朝進貢。
萬曆三十九年(1611)春二月庚子日，河套部敵軍進犯甘州的紅崖、青湖，被官軍擊退。
夏四月，京師大旱。
十九日，怡神殿發生火災。
二十七日，設置邊鎮常平倉。
五月初三，禦史徐兆魁上奏皇帝，指責東林講學諸人暗中支持制定不同的禮典、制度，緻使諸臣互相攻擊。
廣西、廣東發生大水災。
六月，從徐州到北京普遍發生大水災。
當年夏天，停止熱審。
冬十月初一，戶部尚書趙世卿上書離去。
十八日，中止行刑。
内閣大臣請求釋放輕罪犯人，未予答複。
這一年，暹羅前來朝貢。
萬曆四十年(1612)春二月十九日，吏部尚書孫丕揚上書自去官職回鄉。
三月十二日，赈濟京師流民。
夏四月初二，南京各道禦史進言：“官衙空缺，各方面事務廢堕，皇上深居宮中二十餘年，未接見過大臣，天下将有失去的危險。
”仍然未予答複。
五月初一，日食。
秋八月，黃河在徐州決口。
九月十九日，李廷機自動離職。
冬十月二十四日，中止行刑。
這一年，琉球中山王尚甯派人奏請歸附。
萬曆四十一年(1613)春正月初二，诏谕朝鮮練兵以防止倭寇。
三月十五日，賜封周延儒等人為進士及第以及其他不同出身。
夏五月十二日，朱翊鈞诏谕吏部都察院“：幾年來議論紛紛，混淆視聽，朝廷寬容不予追查，緻使攻擊誣陷愈來愈甚，朝廷大臣猶疑畏懼，都想辭官回鄉，嚴重損害了國體。
自今以後，仍有結黨亂政者，定罪絕不饒恕。
”六月初八，蔔失兔世襲順義王封号。
秋七月初八，兵部尚書掌管都察院事務的孫玮辭職回鄉。
九月十七日，吏部左侍郎方從哲、原吏部左侍郎吳道南和禮部尚書兼任東閣大學士，參與機要事務。
二十五日，吏部尚書趙煥自動離職。
當年，兩畿、山東、江西、河南、廣西、湖廣、遼東發生水災。
烏斯藏前來朝貢。
萬曆四十二年(1614)春正月十二日，總兵官劉纟廷率兵讨伐建昌叛蠻，将其平定。
二月初九，慈聖皇太後駕崩。
二十七日，赈濟畿内饑荒。
三月二十四日，福王來到都城。
夏四月初四，以皇太後遺命為由大赦天下。
六月十三日，安葬孝定皇後。
秋八月十四日，禮部右侍郎孫慎行上疏自動去職。
二十三日，葉向高辭官。
這一年有安南、土魯番前來朝貢。
萬曆四十三年(1615)春正月十八日，完成了徐州黃河決口的築堤工程。
三月初一，有日食。
夏五月初四，薊州一男子張差手持木棒闖入慈慶宮，打傷守門的侍衛，被抓進監獄。
十二日，刑部提牢主事王之肕弄清其情況，這就是後來所說的木廷擊案。
二十五日，對皇城門禁嚴加戒備。
二十九日，在慈慶宮召見廷臣。
禦史劉光複被抓進監獄。
三十日，張差伏誅。
六月初三，由于久旱不雨，朱翊鈞命群臣修身反省。
秋七月初四，赈濟畿内饑荒。
二十九日，中止行刑。
閏八月初六，重建三殿。
十三日，山東大旱，朱翊鈞下诏将稅銀留下進行赈濟。
二十三日，河套諸部進犯延綏，官軍戰敗，副将孫弘谟被抓獲。
冬十月十八日，京師地震。
十一月初六，赈濟京師饑民。
萬曆四十四年(1616)春三月初一，有日食。
十五日，賜封錢士升等人進士及第以及其他不同出身。
當年春天，畿内、山東、河南、淮、徐發生大饑荒，朝廷分别給以赈濟和減免田賦。
夏四月十九日，河南出現盜賊，朝廷命官吏進行安撫和圍剿。
六月初三，河套各部落進犯延綏，總兵官杜文煥将其擊退。
二十九日，黃河在祥符朱家口決堤，淹沒陳、杞、睢、柘各州縣。
秋七月二十八日，河套部落首領吉能率兵進犯高家堡，參将王國興戰敗。
當月，陝西大旱，江西、廣東發生水災，河南、淮、揚、常、鎮大鬧蝗災，山東盜賊大起。
冬十月初十，中止行刑。
十一月初二，隆德殿發生火災。
萬曆四十五年(1617)春二月二十三日，由于前一年冬季無雪，入春以後又沒有下雨，朱翊鈞要群臣修身反省。
三月初六，鎮撫司缺乏官吏，獄中很多囚犯因關押太久而死亡，大學士方從哲據此上奏，未得到答複。
初十，赈濟江西饑荒。
夏五月十三日，久旱不雨，朱翊鈞又命群臣修身反省。
六月初三，畿南大鬧饑荒，當地官吏請求赈濟，未得到及時答複。
當月，閣臣法官奏請熱審，未得答複。
秋七月初一，日食。
初五，吳道南因丁服父母喪事離職。
這一年，兩畿、河南、山東、山西、陝西、江西、湖廣、福建、廣東遭災。
暹羅、烏斯藏曾來朝進貢。
萬曆四十六年(1618)春二月十五日，赈濟廣東饑荒。
夏四月十五日，大清軍隊攻克撫順，千總王命印戰死。
二十日，總兵官張承胤領兵救援撫順，也全軍覆沒。
閏月初二，楊鎬擔任兵部左侍郎兼右佥都禦史，經略遼東。
六月二十六日，京師地震。
這年夏天，官吏奏請熱審，未得到答複。
秋七月二十日，大清軍隊攻占清河堡，守将鄒儲賢、張旆戰死。
八月十六日，朝廷将軍饷海運到遼東。
二十四日，乃蠻等七部落請求與朝廷相通。
二十五日中止行刑。
九月初七，守遼軍隊缺乏糧饷，有關官員奏請撥用各省稅銀，未得到及時答複。
二十六日，加派天下田賦。
三十日，京師發生地震。
冬十一月初九，因災異頻繁而令群臣修身反省。
十二月初二，河套部落首領猛克什力前來投降。
這一年有土魯番、天方、撒馬兒罕、魯迷、哈密、烏斯藏前來朝貢。
萬曆四十七年(1619)春二月十一日，經略楊鎬在遼陽誓師，總兵官李如柏、杜松、劉纟廷、馬林分道出塞。
三月初一，杜松在吉林崖遭遇大清軍隊，戰死。
初二，馬林在飛芬山戰敗，兵備佥事潘宗顔戰死。
初七，劉纟廷率軍深入阿布達裡岡，戰死。
十八日，賜莊際昌等人為進士及第以及其他不同出身。
夏四月二十日，盔甲廠發生火災。
六月十六日，大清軍隊攻克開原，馬林全軍覆沒。
二十二日，大理寺丞熊廷弼擔任兵部右侍郎兼右佥都禦史，經略遼東。
二十三日，朝廷大臣聚于文華門，奏請皇帝批複奏章以及增派援軍和分發糧饷，未得到答複。
秋八月初五，山東蝗災。
十三日，逮捕楊鎬。
九月初一，中止行刑。
初九，百官跪伏于宮殿階下，奏請朱翊鈞上朝處理政事，未得到答複。
冬十月初八，赈濟京師饑民。
十二月，又加派全國田租賦稅。
二十二日，鎮江、寬奠、雲爰陽新募援兵被擊潰。
這一年有暹羅前來朝貢。
萬曆四十八年(1620)春正月二十一日，朝鮮請求救援。
三月十二日，再次加派全國田租賦稅。
夏四月初六，皇後王氏死去。
十一日，朱翊鈞病發，在弘德殿召見方從哲。
秋七月十七日，朱翊鈞病情加重，在弘德殿召見英國公張惟賢，大學士方從哲，尚書周嘉谟、李汝華、黃嘉善、張問達、黃克缵，侍郎孫如遊，勉勵各位大臣勤政敬職。
二十一日，死去，時年五十八歲。
遺诏停止一切榷稅和新增織造等。
九月初十，追加尊敬谥号，廟号神宗，安葬于定陵。