萬曆二十七年(1599)春二月初二，分别派中官統領浙江、福建、廣東市舶司。
當月，貴州巡撫江東之派兵讨伐楊應龍。
戰敗。
三月二十日，原兵部侍郎李化龍總督川、湖、貴州軍務，讨伐楊應龍。
夏四月二十五日，朱翊鈞駕臨午門，接受倭寇俘虜。
當月，臨清百姓叛亂，焚燒稅使馬堂官署，殺其随從三十四人。
閏月初八，诏示天下倭寇被平定，免除加派的東征賦稅。
十二日，因久旱不雨而令群臣修身反省。
十九日，因各位皇子結婚而令從太倉取銀二千四百萬兩。
戶部匮乏，令從嚴核實各地積蓄儲備。
六月二十三日，楊應龍攻陷綦江，參将房嘉寵、遊擊張良賢戰死。
秋八月十八日，陝西狄道縣發生山崩。
九月，土蠻進犯錦州。
冬十月初六，赈濟京城饑民。
初十，由于播州用兵，加派四川、湖廣地區的田賦。
十二日，貴州宣慰使安疆臣犯罪，诏令他讨伐賊寇以贖罪。
十一月初四，免除河南受災地區的田租。
二十八日，赈濟畿輔及鳳陽等地饑荒。
十二月初二，武昌、漢陽百姓叛亂，打傷稅使陳奉。
十三日，赈濟京師流民。
這一年，琉球前來朝貢。
萬曆二十八年(1600)春二月初四，京師地震。
十二日，李化龍率師分八路進軍讨伐播州。
夏六月初六，攻克海龍囤，楊應龍自缢而死，播州平定。
秋七月初十，天大旱，朱翊鈞又令群臣修身反省。
八月初一，建成慈慶宮。
初六，撤除朝鮮守兵。
九月十四日，中止行刑。
同年秋天，炒花進犯遼東，副總兵解生等人戰敗死去。
冬十月初一，貴州皮林苗叛亂，總兵官陳瞞率兵讨伐。
初六，雲南稅監楊榮開采阿瓦、孟密寶井。
十二月二十六日，朱翊鈞駕臨午門，察看播州戰俘。
這一年，兩畿各省災傷頻繁，民饑盜起，内外群臣上奏請求将礦稅監官免職，朱翊鈞全不采納。
大西洋人利瑪窦進獻地方特産。
萬曆二十九年(1601)春正月十三日，诏告天下：由于平定了播州，免除四川、貴州、湖廣、雲南加派的田租賦稅，同時免除官民牽連之罪。
當月，皮林苗賊被平定。
二月初五，赈濟大同、宣府饑荒。
三月十七日，賜封張以誠等人以進士及第和其他不同的出身。
當月，武昌發生民變，殺掉稅監陳奉随從六人，焚毀巡撫公署。
夏四月十八日，召回陳奉，派守備承天的中官杜茂替代。
五月，蘇州民變，殺掉織造中官孫隆随從數人。
六月，京師已一年未降雨，直到當月初九才開始下雨。
山東、山西、河南普遍大旱。
二十二日，法官奏請熱審，朱翊鈞未予答複。
這年夏天，赈濟畿内饑荒。
秋九月初八，黃河在開封、歸德決堤。
十三日，趙志臯死去。
十九日，赈濟貴州饑荒。
二十四日，原禮部尚書沈鯉、朱赓同時兼任東閣大學士，參與機要事務。
冬十月十五日，冊立皇長子朱常洛為皇太子，冊封其他各位皇子常洵為福王、常浩為瑞王、常潤為惠王、常瀛為桂王。
并下诏大赦天下。
二十八日，加上慈聖皇太後尊号。
十二月初八，诏令恢複朵顔馬市。
萬曆三十年(1602)春正月二十六日，以四方災害頻繁為由令群臣修身反省。
二月十六日，朱翊鈞身體不适，召大學士沈一貫至啟祥宮，诏谕免除礦稅，停止織造，釋放囚犯，恢複進谏的各位大臣職務。
次日，病愈，擱置前诏。
二十一日，重建乾清、坤甯二宮。
閏月初三，恢複河套各部貢市。
十五日，河州黃河幹涸。
三月二十二日，騰越民變，殺掉稅監所委派的官員。
夏四月初十，赈濟順天、永平饑荒。
五月十四日，法官奏請熱審，未允許。
秋七月二十二日，邊饷匮乏，命從嚴從快催交拖欠賦稅。
當月，緬賊攻陷蠻莫宣撫司，宣撫司思正跑回騰越，賊兵追至，官吏殺掉思正進獻賊兵，才得解圍。
冬十月初十，赈濟江北災害。
二十八日，中止行刑。
這一年有琉球、哈密前來朝貢。
萬曆三十一年(1603)春三月初二，吏部奏告天下郡守阙員，沒作答複。
當月，播州餘賊吳洪等人作亂，有關官吏讨伐并予以平定。
夏四月初一，日食。
五月初一，閣臣奏請熱審，未予回複。
二十三日，京師地震。
鳳陽天降大雨和冰雹，砸毀皇陵殿脊梁。
當年夏天，黃河在蘇家莊決堤，淹沒江北豐、沛、魚台、單縣。
秋九月十一日，江北發生盜賊。
冬十月初二，中止行刑。
十四日，睢州賊楊思敬作亂，被有司讨伐擒獲。
十一月十二日，得到一本妖書，傳說皇帝要改立太子，诏令到處嚴加搜索。
十二月初五，朱翊鈞召見皇太子于啟祥宮，賜給皇太子手令給予安慰。
萬曆三十二年(1604)春二月二十一日，閣臣奏請補充司、道、郡、守及派遣巡視各地的禦史，未予答複。
三月十四日，建成乾清宮。
十五日，賜封楊守勤等人以進士及第和其他不同的出身。
夏四月初一，日食。
當月，完成疏通氵加河的工程。
五月二十三日，雷火焚燒了長陵明樓。
六月初七，以長陵發生災害為由，命補阙官撫恤帶刑在獄囚犯。
二十日，昌平發生水災，毀壞長、泰、康、昭四陵石梁。
秋七月初一，京師大雨，毀壞一些城牆。
十二日，赈濟遭受水災之居民。
八月二十三日，群臣跪伏文華門，上疏請求提倡修舉實政，降旨督促。
二十八日，完成黃河分水工程。
九月初一，赈濟畿南六府饑荒。
閏月二十四日，武昌宗人蘊轸等人作亂，殺掉巡撫都禦史趙可懷。
冬十月初八，開始對平定播州的官兵論功。
這一年有琉球、烏斯藏前來朝貢。
萬曆三十三年(1605)春正月，重新修複京師外城。
初五，銀定、歹成進犯鎮番，總兵官達雲将其擊敗。
夏四月初七，蘊轸等被殺。
五月二十四日，鳳陽遭受大風大雨，毀壞陵殿神座。
二十八日，雷擊圜丘望燈高杆。
六月初二，以雷擊為由令群臣修身反省。
秋八月二十八日，中止行刑。
九月二十四日，昭和殿發生火災。
二十六日，京師地震。
冬十一月十一日，免除淮陽遭災地區的田租。
十二月初二，诏令天下各地停止開礦。
又将稅務事宜交還有司，将每年收入的一半交至内府，另一半交至戶、工二部。
初六，免去河南遭災地區的田租。
十五日，以皇長孫出生為由而诏令大赦天下。
開宗室科舉入仕之先例。
停止開采廣東珠池和雲南寶井。
萬曆三十四年(1606)春二月十一日，加上皇太後徽号。
十二日，大學士沈鯉、朱赓奏請皇帝補齊六部主要官員，未得到答複。
三月十一日，雲南百姓殺死稅監楊榮，焚燒其屍體。
三十日，真定、順德、廣平、大名等地遭災，朝廷分别給予減免賦稅和赈濟。
夏四月二十五日，完成朱旺口黃河疏通工程。
五月初六，河套部進犯延綏，官軍将其擊潰。
六月初六，緬甸攻陷木邦。
同月，畿内蝗災大起。
秋七月十六日，沈一貫、沈鯉辭官。
九月二十九日，朱翊鈞要陝西邊防嚴加防患。
冬十月初一，中止行刑。
十一月初四，朵顔來犯，總兵官姜顯谟領兵将敵擊退。
十二月十八日，南京妖賊劉天緒謀反，事情敗露伏誅。
這一年，有安南、琉球前來朝貢。
蒙古喀爾喀各部歸順大清。
萬曆三十五年(1607)春正月初七，給事中翁憲祥進言：撫、按官員解任後應該随時候命，不應聽其自流。
未得到批複。
二月初五，安南賊人武德成進犯雲南，總兵官沐睿又将敵擊退。
三月十八日，賜封黃士俊等人為進士及第以及其他不同的出身。
夏四月初六，銀定、歹成進犯涼州，副總兵柴國柱将其擊退。
二十日，順義王扌奢力克死去。
五月二十七日，原禮部尚書于慎行及禮部侍郎李廷機、南京吏部侍郎葉向高一同擔任禮部尚書兼任東閣大學士，參與機要事務。
六月，湖廣及徽、甯、太平、嚴州發生水災。
閏月二十日，恢複河套各部的貢市。
秋七月初十，京師連年陰雨。
刑部奏請皇帝批發關于熱審的奏章，未予答複。
八月初六，赈濟畿内饑荒。
九月初四，中止行刑。
冬十月十四日，山東大旱，饑荒嚴重，朝廷分别給予赈濟。
十一月二十五日，于慎行死去。
十二月，金沙江蠻阿克反叛，攻陷武定，圍攻雲南，攻占嵩明、祿豐。
安南賊兵進犯欽州。
這一年，琉球前來朝貢。
萬曆三十六年(1608)春正月，河南、江北發生饑荒。
二月十一日，京師地震。
夏六月二十五日，南畿發生大水。
秋七月十三日，京師地震。
郴州礦賊大起。
八月初九，懲治雲南失事有罪之臣，巡撫都禦史陳用賓、總兵官沐睿又被逮捕入獄，論為死罪。
二十七日，赈南畿