部尚書兼東閣大學士，參與機要事務。
九日，張獻忠在谷城起兵反明，羅汝才等相繼起兵響應，一舉攻克房縣。
十九日，孫傳庭革職，不久被逮捕入獄。
六月，畿内、山東、河南、山西天旱，起蝗蟲。
二十三日，抽調各鎮精兵進行訓練，又增加練兵糧饷。
七月十七日，左良玉征讨張獻忠，在羅猴山失敗，總兵官羅岱被活捉處死。
熊文燦被革職，不久逮捕下獄。
八月八日，下诏誅殺邊境失事巡撫都禦史顔繼祖，總兵官倪寵、祖寬，内臣鄧希诏、孫茂霖等三十三人，全部棄市示衆。
十四日，減免唐縣及其他四十州縣去年田租的一半。
二十七日，大學士楊嗣昌率軍征讨賊軍，總督以下全部聽其節制。
十月初一日，楊嗣昌在襄陽誓師。
十一日，左良玉為平賊将軍。
十三日，《欽定保民四事全書》修成，頒布于天下。
十一月二十八日，在京師南郊祭祀天。
十二月，羅汝才侵犯四川。
二十四日，下兵部尚書傅宗龍于獄。
當年，琉球入朝進貢。
崇祯十三年(1640)閏正月三日，赈救真定饑荒。
六日，赈救京師饑民。
二十一日，赈濟山東饑荒。
二月初一日，在東郊祭日。
七日，總督三邊侍郎鄭崇儉在太平縣瑪瑙山大敗張獻忠，張獻忠敗走歸州。
二十七日，因長時間幹旱，征求直言。
三月三日，祈禱雨。
五日，大風沙，下诏清理刑獄。
七日，罷免各鎮内臣。
十七日，賜魏藻德等進士及第、出身各有不同。
十九日，赈救畿内饑荒。
二十八日，減免河北三府欠交賦稅。
四月七日，逮捕江西巡撫佥都禦史解學龍及他推舉的黃道周。
二十八日，吏部尚書謝升為禮部尚書，禮部侍郎陳演以原官兼東閣大學士，參與機要事務。
五月，羅汝才攻打夔州，石石主女土官秦良玉連續戰退羅汝才。
四日，在北郊祭地。
三十日，姚明恭辭官退職。
六月初一日，總兵官賀人龍等分路追擊羅汝才，羅汝才兵敗，移師大甯。
二十日，蔡國用死。
二十一日，薛國觀停職。
七月初一日，畿内捕捉蝗蟲。
十日，發放錢币赈救遭受蝗災州縣。
十二日，左良玉及京師營兵總兵官孫應元等在興山大敗羅汝才。
羅汝才敗走巫山，與張獻忠會合。
八月二十五日，赈救江北饑荒。
九月，陝西官軍将李自成圍困于巴西魚腹山中，李自成因逃走幸免。
十五日，張獻忠攻陷大昌，總兵官張令戰死。
不久又攻克劍州、綿州。
十月六日，熊文燦被斬首示衆。
十一月，楊嗣昌進軍重慶，十日，在南郊祭天。
十一日，南京發生地震。
十二月初一日，嚴格抄傳軍事機密禁令。
五日，張獻忠攻陷泸州。
九日，逮捕薛國觀。
這月，李自成從湖廣到河南，饑餓農民争先恐後跟随李自成。
連續攻陷宜陽、永甯，殺萬安王采..，攻陷偃師，聲勢大震。
當年，兩畿、山東、河南、山西、陝西天旱，蝗蟲大起，人相殘食。
崇祯十四年(1641)正月五日，在京師南郊祭谷。
十三日，總兵官猛如虎追擊張獻忠于開縣黃陵城，官軍潰敗，參将劉士傑等戰死，張獻忠遂揮師東下。
二十日，李自成攻下河南，福王朱常洵被殺，前兵部尚書呂維祺等死。
二月四日，下诏因時事艱難，災害多次出現，悲痛得自己責罰自己。
停止執行今年刑獄。
所有罪犯全部減等定罪。
五日，張獻忠攻陷襄陽，襄王朱翊銘、貴陽王朱常法一同遇害，副使張克儉等戰死。
十三日，李自成進攻開封，周王朱恭枵、巡撫禦史高名衡抗拒迎戰李自成，李自成退卻。
二十日，張獻忠攻陷光州。
二十四日，在乾清宮左室召見閣臣、九卿、科道。
命驸馬都尉冉興讓等賞賜錢币金銀，赈救河南受難宗室。
三月初一日，楊嗣昌從四川回京，到荊州死去。
十日，祈禱下雨。
二十一日，洪承疇會合八鎮兵于甯遠。
二十二日，逮捕鄭崇儉下獄，不久棄市。
四月七日，大清兵攻錦州，祖大壽奮力拒守。
十四日，總督三邊侍郎丁啟睿為兵部尚書，率軍征讨賊軍。
五月六日，範複粹辭官退職。
從獄中釋放傅宗龍，任命他為兵部侍郎，總督陝西三邊軍務，征讨李自成。
十四日，在北郊祭地。
六月，兩畿、山東、河南、浙江、湖廣旱災，起蝗蟲，山東盜賊大起。
七月五日，李自成攻打鄧州，楊文嶽、總兵官虎大威打敗李自成。
二十八日，洪承疇增援錦州，駐軍于松山。
這月，臨清運河幹涸。
京師大發瘟疫。
八月二日，援兵與清軍激戰于松山，陽和總兵官楊國柱潰敗戰死。
八日，賜薛國觀死。
十八日，重新建成太學，隆重祭奠先師孔子。
二十一日，總兵官吳三桂、王樸從松山逃跑，其他軍隊在夜間全部潰敗。
這月，左良玉在信陽大敗張獻忠。
九月四日，傅宗龍率師住新蔡，與總督保定侍郎楊文嶽會師。
六日，與賊軍相遇，賀人龍全軍潰敗，傅宗龍被圍困，文嶽逃往陳州。
十一日，周延儒、賀逢聖再次入閣。
十八日，封皇子朱慈炯為定王。
十九日，傅宗龍突圍而出，直奔項城，被活捉處死。
賊軍屠戮項城及商水、扶溝。
二十五日，李自成、羅汝才攻陷葉縣，守将劉國能戰死。
這一月，官軍在英山望雲寨打敗張獻忠。
十月初一日，有日食。
十一月四日，李自成攻陷南陽，唐王朱聿镆遇害，總兵官猛如虎等戰死。
十二月，李自成連續攻陷洧川、許州、長葛、鄢陵。
二十三日，解學龍戍邊，黃道周戍邊。
李自成、羅汝才合力攻打開封，周王朱恭枵、巡撫都禦史高名衡誓死拒守。
崇祯十五年(1642)正月十三日，孫傳庭任兵部侍郎，統領京師軍隊救援開封。
十五日，楊文嶽救援開封，李自成領兵南陷西華。
十八日，減免天下崇祯十二年以前欠交賦稅。
這月，山東賊軍攻陷張秋、東平，搶劫漕運船隻。
太監王裕民、劉元斌率兵會合兖東官軍征讨平定。
二月八日，赈救山東願接受撫恤亂民。
十三日，總督陝西都禦史汪喬年暫住襄城，途中遇賊軍，賀人龍等逃奔入關，汪喬年被圍困。
十七日，襄城淪陷，汪喬年被捉拿處死。
十八日，大清兵攻克松山，洪承疇投降，巡撫都禦史丘民仰，總兵官曹變蛟、王廷臣，副總兵江翥、饒勳等死于軍火。
這一月，由孫傳庭總督三邊軍務。
三月，李自成攻陷陳州。
八日，魏照乘辭官退職。
十日，祖大壽以錦州向大清兵投降。
二十二日，李自成攻陷睢州、太康、甯陵、考城。
二十三日。
封皇子朱慈火召為永王。
二十七日，李自成攻陷歸德。
當年春天，江北賊軍攻陷含山、和州，南京戒嚴。
四月二十四日，李自成又包圍開封。
二十六日，謝升革職。
五月一日，孫傳庭入關，誅殺賀人龍。
六日，張獻忠攻陷廬州。
十九日，王樸棄市示衆。
六月十日，賀逢聖辭官退職。
十五日，張四知辭官退職。
十六日，下诏天下停止用刑三年。
二十一日，詹事蔣德瞡、黃景窻、戎政侍郎吳生生均為禮部尚書兼任東閣大學士，參與軍國大事。
二十二日，诏孫傳庭出關。
兵部侍郎侯恂督領左良玉軍隊增援開封。
二十四日，因一起推舉閣臣之事，下吏部尚書李日宣六人于獄，貶官戍邊各有不同。
二十六日，在京師北郊祭地。
這月，築祭壇親自祭祀死去的文武大臣。
山西總兵官許定國增援開封，在沁水潰敗，甯武兵在覃懷潰敗。
七月一日，左良玉、虎大威、楊德政、方國安四鎮兵在朱仙鎮潰敗。
八月十三日，安慶發生兵變，殺都指揮徐良憲，後來官軍平定兵變。
二十八日，黃道周從戍所釋放出來，恢複其原來官職。
三十日，兵部尚書陳新甲下獄，不久棄市。
九月十五日，李自成決黃河堤灌于開封城。
十六日，開封城垣倒塌，淹死城民數十萬人。
二十二日，孫傳庭率軍趕赴開封。
二十四日，鳳陽總兵官黃得功、劉良佐在潛山大敗張獻忠。
十月二十