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朱聿鍵屢次催促鄭芝龍出兵，他總是以缺饷為由昧心推辭。
時間一久，鄭芝龍知道輿論不平，于是請求命鄭鴻逵前往浙東，鄭彩前往江西，各擁兵數千，号稱數萬。
兩人出發後，借口等候糧饷，都行至百裡而返。
在此之前，黃道周了解鄭芝龍無意出兵，便自己請求率軍而行，從廣信直趨婺源，兵敗而死，事情詳見《黃道周傳》。
當時，李自成兵敗逃走，死于通山，其兄之子李錦率部投降湖廣總督何騰蛟，何騰蛟一時增兵十餘萬。
侍郎楊廷麟、祭酒劉同升起兵收複吉安、臨江。
于是楊廷麟等請求朱聿鍵前去江右，而何騰蛟請求他前往湖南。
原任知州金堡說何騰蛟可以依靠，而鄭芝龍不可依靠，應當棄閩趨楚。
朱聿鍵聽後大喜，便授金堡為給事中，派蘇觀生先行募兵。
在此之前，靖江王亨嘉僭稱監國，不遵從朱聿鍵的命令，被巡撫瞿式耜等擒獲，瞿式耜等向朱聿鍵報捷。
而魯王朱以海又在紹興稱監國，并将朱聿鍵的使者拒之門外，所以朱聿鍵決意前往江西、湖廣。
十二月，從福州出發，駐紮建甯。
廣東布政使湯來賀由海路運來十萬石糧饷。
第二年二月，駐紮延平。
三月，大清軍隊攻取吉安、撫州，将楊廷麟圍困于贛州。
尚書郭維經離開閩，募兵援贛。
六月，清軍攻克紹興，魯王朱以海逃亡入海，閩中大為震驚。
鄭芝龍假稱海寇到來，撤兵返回安平鎮，然後航海而逃。
守關将士都跟随而去，仙霞嶺空無一人。
七月，何騰蛟派遣使者迎接朱聿鍵，即将到達韶州。
這時清軍已抵閩關，駐守浦城的禦史鄭為虹、給事中黃大鵬、延平知府王士和戰死。
八月，朱聿鍵出走，數日才至汀州。
清軍突至，随從官吏四處奔散，朱聿鍵與其妃曾氏均被俘獲。
曾氏在九泷投水而死，朱聿鍵則死于福州。
給事中熊緯、尚書曹學亻全、通政使馬思禮等自缢而死。