州，劉承胤則舉城投降。
朱由榔又逃奔柳州，經過古泥，總兵官侯性、太監龐天壽率水師前來迎接。
當時正逢天雨、饑餓，而侯性對食宿準備十分充分。
九月，土舍覃鳴珂作亂，在城中大肆搶掠，弓箭射到朱由榔的船上。
在此之前，大軍直趨桂林，焦琏拼力拒守，廣州又出現緊急情況，大軍往東而去，桂林才稍微安定下來。
不久，湖南十三鎮将郝永忠、盧鼎等都奔赴桂林，何騰蛟也到達，與瞿式耜商議給諸将劃分地域，讓他們各自防守。
當時焦琏已收複陽朔、平樂，陳邦傳收複浔州，然後合兵收複梧州，廣西全省略定。
十二月，朱由榔返回桂林。
五年二月，大軍到達靈川，郝永忠在興安潰敗，逃回桂林，挾持朱由榔逃往柳州。
大軍進攻桂林，瞿式耜、何騰蛟拼力抵抗。
當時南昌金聲桓等反叛，投降朱由榔。
八月，朱由榔到達肇慶。
六年春，大軍攻下湘潭，何騰蛟死難。
第二年，朱由榔逃至梧州。
這年十二月，大軍進入桂林，瞿式耜及總督張同敞死難。
朱由榔獲悉，十分害怕，從梧州逃奔南甯。
當時孫可望已占據滇、黔，受封為秦王。
八年三月，孫可望派兵前去保衛，殺死嚴起恒等人。
九年二月，孫可望将朱由榔迎入安隆所，改為安龍府。
随着時間的推移，朱由榔感到日益困窘緊迫，他獲悉李定國與孫可望之間有隔閡，便派使者密召李定國，率軍來迎。
馬吉翔是孫可望的黨羽，偵探得知此事，大學士吳貞毓以下十餘人均被處死。
此事詳見《吳貞毓傳》。
二年後，李定國在新會戰敗，将要由安陸進入滇。
孫可望十分擔心，催促朱由榔移往貴陽靠近自己。
朱由榔卻故意延遲動身。
李定國到後，于是尊奉朱由榔由安南衛奔往雲南，住在孫可望的官署中，朱由榔封李定國為晉王。
孫可望因為妻兒還留在滇，未敢有所行動。
第二年，朱由榔将