葉琛、宋濂一同來到應天。
太祖慰問劉基等說：“為了天下，委屈四位先生了。
如今天下紛亂，何時才能平定呢？”章溢回答說：“天道無常，隻有恩德方能輔助成功，隻有不嗜殺人者才能一統天下。
”太祖覺得他的話頗有遠見，任命他為佥營田司事。
章溢巡行江東、兩淮田地，根據戶籍确定稅額，這對百姓十分有利。
章溢因久病休假，太祖知道他想念家母，便給予厚賜，讓他回鄉，而将其子章存厚留在京城。
浙東設提刑按察使時，太祖命章溢為佥事。
胡深出師溫州，章溢受命駐守處州，供應糧饷，而百姓不覺煩勞。
山賊來侵，章溢率軍将其擊走。
晉升為湖廣按察佥事。
當時荊、襄初定，廢地很多，章溢建議派兵屯田，并且以此控制北方。
太祖聽從了他的提議。
當時浙東按察使宋思顔、孔克仁等因失職被捕，供詞中牽涉到章溢。
太祖為此派太史令劉基前去對章溢傳達旨意，說：“我向來知道章溢守法，不要有疑慮。
”
恰逢胡深進入福建，全軍覆沒，而處州動搖，太祖命章溢為浙東按察副使前往鎮守。
章溢覺得自己涉罪而受到寬恕，不應遷升，因此推辭副使之職，仍任佥事。
章溢到處州後，宣布诏令，處死叛首，餘黨全被平定。
章溢召集舊部義兵分布要害之處。
賊寇侵犯慶元、龍泉，章溢排列木栅嚴加防禦，賊寇不敢來犯。
浦城守軍缺乏糧食，李文忠欲将處州糧食運去。
章溢認為車船不通，而軍中所掠糧食頗多，請求充公平均供給，于是浦城軍糧充足。
溫州茗洋賊寇為患，章溢命其子章存道前往搜捕斬首。
朱亮祖攻取溫州時，軍中搶掠百姓子女頗多，章溢将他們全部放歸。
吳地平定後，太祖下诏命章存道駐守處州，而召章溢入朝觐見。
太祖對群臣說：“章溢雖是儒臣，但他們父子效力一方，寇賊全被平定，其功勞不在諸将之後。
”又問章溢應派哪位将領前去