軍駐紮開平，挑選精壯的燕府護衛隸屬宋忠麾下，并将護衛胡騎指揮關童等召入京城，以削弱燕。
又調北平永清左、右衛官軍分駐彰德、順德，都督徐凱在臨清練兵，耿王獻在山海關練兵，以控制北平。
這些全是齊泰、黃子澄的主意。
當時燕王擔憂不已，因為他的三個兒子都在京城，因此便稱自己病重，請求讓他們返回。
齊泰想将三人逮捕，黃子澄則說：“不如放他們回去，以示對他并未懷疑，這樣便可襲而取之。
”就這樣放回了三人。
不久，燕軍起兵，燕王在将吏面前哭着發誓說：“陷害諸王，并非天子之意，而是奸臣齊泰、黃子澄所為。
”
開始皇上信任黃子澄與齊泰，迅速發兵削藩。
但這兩人本是書生，兵事非其所長。
當耿炳文兵敗時，黃子澄說勝敗乃兵家常事，不足以憂慮，因而推薦曹國公李景隆擔負大任。
皇上于是便命李景隆代替耿炳文，而李景隆也無所作為，連敗于鄭村壩、白溝河，喪失軍隊辎重、士兵馬匹數十萬。
不久，又敗于濟南城下。
皇上急忙将李景隆召回，赦免其死罪。
黃子澄痛哭，請治其罪。
皇上不聽。
黃子澄拍着胸脯說：“大勢已去，我推薦李景隆而誤國，萬死不足以贖罪。
”
當燕兵逐漸向南推進時，黃子澄與齊泰一同遇貶在外，被密令募兵。
黃子澄微服由太湖至蘇州，與知府姚善倡義勤王。
姚善上奏說“：黃子澄之才足以抵禦災難，不應當将他抛棄在清閑僻遠之地，而令敵人高興。
”皇上又召見黃子澄，他還未到，京城便已失陷了。
黃子澄想與姚善航海求救兵。
姚善不同意，于是便與嘉興楊任圖謀舉事，被人告發，都被逮捕。
黃子澄至京，成祖親自責問。
但他抗辯不屈，被施磔刑而死。
其族人無論年老年少一律處斬，姻親黨羽全部戍邊。
他的一子變姓改名田徑，後遇赦，在湖廣鹹甯安家。
正德年中，進士黃表是他的後代。