“成王在哪裡？”成祖回答說：“他已自焚而死。
”方孝孺又問：“為什麼不立成王的兒子為皇呢？”成祖回答說：“老百姓信賴年長的君王。
”方孝孺又問：“為什麼不立成王的弟弟為皇呢？”成祖回答說“：這是我們家庭内部的事。
”要左右把筆和紙拿給方孝孺，說：“诏告天下，非先生起草的诏書不可。
”方孝孺把筆扔到地上，又哭又罵說：“死就死吧，诏書我是不會起草的。
”成祖大怒，命令斬首示衆。
方孝孺從容就義，臨死前做絕命詞說“：天降大亂啊又有誰知道其中的緣由，奸臣得計謀奪國家，忠臣發憤啊又血淚交流，以身來殉先君又還有何求。
唉！如此這般方能死無怨尤。
”當時方孝孺年僅四十六歲。
他的學生德慶侯廖永忠的孫子廖镛和他的弟弟廖銘把方孝孺的屍體殓葬于聚寶門外的山上。
方孝孺的哥哥叫方孝聞，勤奮好學，為人忠厚，他比方孝孺先死。
弟弟方孝友與方孝孺同時被殺，臨死前也賦詩一首。
方孝孺的妻子鄭氏及兩個兒子方中憲、方中愈先後上吊身亡，兩個女兒也投秦淮河而死。
方孝孺工于文章，其文清純深邃，雄偉豪邁。
他的每一篇文章問世，海内都争相傳誦。
永樂年間，凡藏有方孝孺文章的都論以死罪。
方孝孺的學生王禾餘暗中把他的文章收集編寫成《侯城集》，方孝孺的文章因此得以流傳後世。
仁宗即位，示谕禮部：“建文時的各位大臣，已經蒙受了殺戮之禍，他們的家屬淪為官籍奴仆者，都釋放為民，并歸還田土。
其外親戍邊者，除留一人戍所外，其餘的都遣放回家。
”萬曆十三年(1585)三月，釋放了因方孝孺案株連而戍邊者的後代，浙江、江西、福建、四川、廣東共計一千三百多人。
方孝孺已經沒有後代了，唯獨方克勤的弟弟方克家有個兒子叫方孝複。
洪武二十五年(1393)，方孝複曾經上書朝廷，請求減免信國公湯和給甯海所增加的賦稅，被貶戍慶遠衛，株連時因軍籍免。
方孝複的兒子名叫方琬，後被釋放為民。
世宗時，松江人俞斌自稱是方孝孺的後代，一時士大夫深信不疑，編纂《歸宗錄》。
後來方氏發覺俞斌不是方孝孺的後代，于是就将實情告訴了官府，這一騙局也就結束。
神宗初年，下诏令褒獎建文時的忠臣，在南京建立表忠祠，排位第一的是徐輝祖，排位第二的是方孝孺。