，皇上命黃真、楊洪充任左右參将協助鎮守，為此将領們肅然。
他巡行天城、朔州各險要地區，令将吏分别守衛；設威遠衛，增修開平、龍門城，從獨石到宣府，增設烽火台。
他還免除屯軍一年的租稅，儲備火器以備邊防之用，而那些倚仗權貴得以逃避兵役的人，魏源也全部把他們搜回充入部隊。
不久因宣府、大同軍務長期廢弛，魏源請召回巡撫佥都禦史盧春，而推薦兵部侍郎于謙為鎮守參贊。
朝廷因于謙正巡撫山西、河南，不同意。
于是言官以魏源巡邊擅自更換大臣作為他的罪過，聯合上書彈劾他。
他們還說魏源任禦史時曾犯有貪污罪，卻還冒領诰命。
皇上因魏源有勞，不問。
他辦完事後回朝，與都禦史陳智在辦公室裡對罵。
陳智上報，皇上下诏責備二人。
當年鬧幹旱，魏源整理疑案上報，并請推行于天下。
回報說可。
旋即他犯判案不當之罪，與侍郎何文淵都被投進監獄。
後來得到寬宥，又因上奏遼王朱貴火合的罪狀時，不提到他内亂的事情，與三司官員都被關進監獄。
過了幾個月，被釋放複職。
魏源在刑部時間很長，對案件的判決多比較平恕。
陝西佥事計資說，武臣所犯的雜犯等罪，應給予一半俸祿，貶戍極邊之地。
魏源因他所說的過于嚴酷，上奏止住了這種做法。
郎中林厚提出應禁止無理狡猾的訴訟、告發，以及選擇理刑官、處理重犯務必憑贓物證據等四項建議，都因魏源的意見得以施行。
六年(1441)，因他腳有病，皇上命他僅在初一和十五日朝見。
八年，他退休。
去世。