方瑛，都督方政之子。
正統初年，他以舍人身份随父親征麓川。
父親戰死，方瑛發憤，矢志要報父仇。
他初承襲指揮使，後來朝廷論方政戰死之功，升他為都指揮同知。
六年(1441)，他随王骥征麓川，率兵六千人突破賊人營壘。
賊人穿黃衣的首領正坐在帳幕中，方瑛直向前沖，左右的人斬殺了賊人數百名，踩死無數，遂夷平了賊人之地。
方瑛升為指揮使。
不久他又随王骥擊破貢章、沙壩、阿嶺等地蠻人。
升為都督佥事，管後軍都督府事務，又充任右參将，協助鎮守雲南。
十三年，他又随王骥征麓川，攻破鬼山大寨，留鎮雲南。
景泰元年(1450)，朝廷認為方瑛有将才，命都督毛福壽去替代他。
方瑛回來後，升為都督同知。
他剛一抵京，而貴州苗人反叛，道路梗阻，王骥請求讓方瑛回來讨伐。
這一年四月，他被任為右副總兵，與保定的梁瑤、侍郎侯..将苗人逐個擊退。
進升為右都督。
他又攻破賞改等寨，擒獲僞苗王王阿同等人。
侯..死，都禦史王來取代他總督軍務，分道往香爐山擊賊。
方瑛從龍場進兵，大破賊人，讨平了他們。
三年秋，王來彈劾方瑛違法之事，皇上不問。
王來被召回後，命方瑛鎮守貴州。
這年冬，他讨伐白石崖賊人，俘虜和斬殺二千五百人，招降四百六十個寨。
進升為左都督。
五年(1454)，四川草塘的苗人黃龍、韋保作亂，自稱平天大王，搶掠播州的西坪、黃灘。
方瑛與巡撫蔣琳會同川兵進剿，賊人首領全部就擒。
便分兵攻克中潮山和三百灘、乖西、谷種、乖立等寨，抓住僞王谷蟻丁等人，斬首一千餘人。
诏令封他為南和伯。
方瑛為将