，紀律嚴明，賞罰必信，臨陣勇敢，善于安撫士兵。
士兵都樂于為他效力，因此他屢立戰功，廷臣說應将禁軍交給他統率，于是皇上把他召回，同石亨一起總督京營軍務。
第二年，蔣琳上奏說方瑛以前守貴州時，邊境安甯，苗蠻畏服，請求派他回貴州。
皇上不許。
不久，湖廣苗人反叛，皇上任方瑛為平蠻将軍，率京軍去讨伐，而派禦史張鵬在他的後面暗中觀察。
張鵬回來後上奏說方瑛所過之地秋毫無犯，皇上非常高興。
七年(1456)，賊人首領蒙能攻打平溪衛，都指揮鄭泰等人将他擊退，蒙能被火槍擊傷。
方瑛于是進入沅州，連破鬼闆等一百六十餘寨。
他又與尚書石璞移師天柱，率領陳友等人分擊天堂等寨，又大破賊人。
攻克寨二百七十座，生擒僞侯伯以下一百零二人。
當時英宗已經複位，捷報傳到朝廷，石璞被召回，方瑛留鎮貴州、湖廣。
方瑛讨伐蒙能餘黨，攻克銅鼓、藕洞等一百九十五寨，覃洞、上隆等地苗人分别斬他們的首領來歸附。
皇上嘉獎方瑛之功，進封他為侯爵。
天順二年(1458)，貴東苗人幹把豬等人僭稱僞号，攻打都勻各衛。
皇上命方瑛與巡撫白圭會同川、湖、雲、貴的部隊讨伐，攻克六百餘寨。
邊境地區全被平定。
方瑛前後共攻克近二千座寨，俘虜和斬殺四萬餘人。
平定苗人之功，此前無人能比。
不久他在駐鎮之地去世，終年四十五歲。
皇上非常哀痛，賜谥号為忠襄。
方瑛天姿英傑，通曉古代兵法。
他曾向朝廷獻上練兵法和陣圖，老将多稱贊他。
為人廉潔，謙和而不自我誇耀。
他所到之處，都實行能維護當地社會安靜的措施，人民很懷念他，長久不忘。