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而且石亨位居大将，沒聽說他薦舉一名隐士，提拔一名軍隊中出身卑微的人，以補軍國之用，而唯獨推薦臣的兒子，這能得到輿論支持嗎？臣對于軍功，堅決杜絕僥幸之徒，決不敢讓兒子冒功。
”石亨更加怨恨他。
都督張車兀在征讨苗人時違犯了軍令，被于謙彈劾，所以他和宦官曹吉祥等人都一向恨于謙。
景泰八年(1457)二月十二日，石亨與曹吉祥、徐有貞等在迎接上皇複位，向朝廷宣布谕旨完畢後，将于謙和大學士王文逮捕入獄。
他們誣告于謙等人與黃..陰謀策劃更換東宮太子，并與太監王誠、舒良、張永、王勤等人圖謀迎立襄王的兒子。
由石亨等人主謀，唆使言官上奏。
都禦史蕭惟祯負責審判，判于謙犯了謀反罪，處以極刑。
王文無法忍受他們的誣陷，極力申辯，于謙笑着說“：這是石亨等人的主意，你辯解有什麼用？”奏本上呈後，英宗還在猶豫說：“于謙實是有功。
”徐有貞上前說：“不殺掉于謙，這一行動便沒有借口。
”皇上才下了決心。
二十一日改元為天順，二十二日将于謙處死，暴屍街頭，家産抄沒入官，家屬遣去戍邊。
遂溪教谕吾豫說于謙之罪應當滅族，于謙所薦舉的文武大臣也應誅殺。
部議沒有通過，這才罷了。
千戶白琦又請将于謙的罪狀張榜，刻版印出以昭示于天下。
一時間投皇帝所好、阿谀奉承以求得寵用之徒，都拿于謙作為口實。
于謙自從也先入侵後，便發誓不與敵人共生存。
他常常辦公室裡留宿而不回家。
他患有痰病，病發時，景帝便派興安、舒良輪番前去探視。
皇上聽說他衣食過于單薄，便令尚方部門制作賜給，甚至連醋菜都備有。
皇上又親自到萬歲山，伐竹取汁賜給于謙。
有人說将于謙寵得太過分了，興安等人說：“他日夜為國分憂，連家産都不顧，如果他走了，叫朝廷到哪兒再找到這樣的人？”到他被抄家時，家無餘财，隻有正室門環鎖得很堅固，打開一看，都是皇上賜給的蟲奔衣、劍器等。
他死的那天，陰霾密布，天下都以為冤枉。
指揮朵兒，本是曹吉祥的部下，他将酒灑在于謙死的地方表示祭奠，放聲痛哭。
曹吉祥大怒，将他鞭打了一頓。
但第二天他又照舊前去祭奠。
都督同知陳逵為于謙的忠義所感動，将他的遺骸收殡起來。
過了一年，于謙歸葬于杭州。
陳逵，六合人，曾舉為将才，是李時勉的門生。
皇太後開始不知道于謙的死訊，後來聽說後，歎息哀悼了好幾天。
英宗也後悔了。
于謙死後，石亨的黨羽陳汝言代為兵部尚書。
不到一年被革職，查獲的贓物達好幾萬。
皇上叫大臣們來看，愀然說道“：于謙被重用于景帝朝，死後沒有餘财，汝言的财物也太多了！”石亨低頭不能作答。
不久有邊警，皇上憂形于色。
恭順侯吳瑾正侍從皇上，說：“假如于謙還在，當不會讓敵人如此猖狂。
”皇上默然不語。
這一年，徐有貞被石亨中傷，被遣去戍守金齒。
又過了幾年，石亨也被下獄，死于獄中。
曹吉祥以謀反之罪被滅族。
于謙的冤案大白于天下。
成化初年，于冕被赦免回來，上書申冤，得到複官，并賜給祭文。
皇上诰文說“：在國家多難之際，您保衛了國家安全。
您獨自主持公道，以緻招來奸臣的忌恨。
先帝已知您蒙受冤屈，而朕心中實憐惜您的忠誠。
”天下争為傳誦。
弘治二年(1489)，聽從給事中孫需的建議，贈于謙特進光祿大夫、柱國、太傅，谥肅愍，并在他的墓上賜建祠堂以表彰他的功績，命有關官員歲時祭奠。
萬曆年間，改谥忠肅。
杭州、河南、山西都世代奉祀他，香火不絕。