參贊軍務。
第二年正月，王竑與馮宗在紅崖子川擊退孛來。
白圭等人回京，王竑仍留下鎮守。
到了冬天，才把他召回。
第二年春，又命他總督漕運，巡撫淮安和揚州。
淮人聽說王竑再來，歡呼迎拜，數百裡不絕。
憲宗即位後，給事中蕭斌、禦史呂洪等人共同推薦王竑和宣府巡撫李秉可當大任。
皇上交給廷臣讨論，尚書王翺、大學士李賢請聽從蕭、呂等人的意見。
皇上說“：古代的人君通過推夢占蔔來求賢才，現在朕難道就不能聽從輿論的取舍嗎？”馬上召王竑回來任兵部尚書，李秉為左都禦史。
任命下達後，朝野相慶。
當時将要用兵兩廣，王竑舉薦韓雍為總督。
韓雍剛剛獲罪，衆人覺得這事難辦。
王竑說：“天子正在棄瑕錄用，你們說韓雍有罪不當用，我王竑不是曾因罪被廢的人嗎？”朝廷終于任用韓雍。
王竑列出進兵剿賊事宜上奏，并說将帥出征讨伐，不得上奏攜帶私人，胡亂冒功。
他又請恢複京營部隊原有的數量，禁止權勢之家和高級将領擅自役使禁軍。
于是皇上命王竑和給事中、禦史六人檢閱十二營的士兵。
王竑認為擇兵不如擇将，共上奏罷免了營職軍官八十餘人，再慎選有才能勇武之士來補充。
兵部清理貼黃缺官，王竑偕同各大臣推舉修撰嶽正、都給事中張甯，被李賢反對，竟把這兩人派出任外官，并廢除了朝臣會舉之例。
王竑憤然說道“：我還能坐在這裡嗎？”馬上稱病求退。
皇上正信任王竑，便優诏安慰挽留他，每天派醫生去給他看病。
王竑卻請求得更為急切。
九月，皇上命他退休回去。
王竑任尚書一年，稱病在家有四個月，人們因為朝廷未盡其用而感到惋惜。
他走後，中外大臣推薦他的奏章不下一百篇，都沒被認可。
當初，王竑把他的居室起名為“戆庵”。
回來後，把它改為“休庵”。
他閉門謝客，鄉裡的人很少能見到他。
當時李秉也被罷免回家，每天出入裡巷，與故舊談笑遊樂。
王竑聽說後，說：“大臣怎能不養重自愛？”李秉聽說後，也笑着說：“什麼是大臣？難道立異于故鄉，崇尚矯異激切才算是賢嗎？”兩人都受到時人的稱贊。
王竑居家二十年，弘治元年(1488)十二月去世，終年七十五歲。
正德年間，贈予他太子少保，谥莊毅。
淮人立祠祭祀他。