所報功的等次互相矛盾，明憲宗都不聽，升項忠為左都禦史，蔭庇兒子項绶為錦衣千戶，對諸将按級别記錄功勞。
項忠上疏道“：臣先後招撫流民複業的有九十三萬餘人，賊黨逃入深山，又通過告示解釋自動解散歸來五十萬人。
俘獲的一百人都是首惡。
現在說都是良家子弟，那麼前些時屢次上奏朝廷猖獗難以抵禦的又是誰呢？賊黨本來就應判死罪，正因為不忍濫殺，因此才罰遣壯年男子去守邊。
這些久已在當地落戶籍的人，有的竟然占山四十餘裡，招聚無賴千人，争鬥劫掠殺人，像這樣的人，可以久居而不遣返嗎？臣張榜警告賊，說是已殺幾千，隻是虛張聲勢威懾賊人的，并不是實事。
況且白圭本人也曾經負責此事，今天這件事又是白圭本人所遺留下來的。
前些時，朝廷内外談論的是說荊、襄流民的禍患哪一天能安定，現在有幸平定了，而流言沸沸騰騰，以我為攻擊的目标。
從前馬援打勝仗後從交趾運回一車薏苡被人诽謗為一車明珠，魏将鄧艾被朝廷下诏書用檻車囚回，他們的功勞不被記載，連自身都難保，臣有幸遇到聖明的皇帝，請求賜給我這把骨頭，不要使臣步馬援、鄧艾的後塵。
”明憲宗以情詞懇摯的诏書答複他。
成化八年(1472)，朝廷召項忠回來，與李賓協掌院事。
過兩年拜為刑部尚書，不久代替白圭為兵部尚書。
汪直開西廠，放肆蠻橫，項忠屢次遭到汪直的侮辱不堪忍受，正好大學士商辂等彈劾汪直，項忠也帶領九卿彈劾汪直，皇帝将彈劾汪直的奏章留在宮中不加處理，但是西廠還是停辦，汪直心中十分怨恨項忠等，沒多久，西廠又恢複，汪直用吳绶為心腹，吳绶心揣前仇，更加急切地尋找項忠的差錯，以資報複。
項忠心中不安，請求返鄉治病，還未成行，而吳绶唆使偵探的人誣告項忠有罪。
給事中郭镗、禦史馮貫等又上奏章彈劾項忠，事情牽連項忠的兒子項經、太監黃賜、興甯伯李震、彰武伯楊信等。
憲宗下诏由法司會同錦衣衛在朝廷審訊，項忠大聲争辯毫不屈服，然而衆人知道這一切出自汪直的意願，無人敢為他辯白，竟将項忠削職為民，黃賜與李震等也被判罪。
汪直垮台後，項忠恢複官職，後辭官回鄉，在家居二十六年，到弘治十五年(1502)，去世，享年八十二歲。
追授太子太保，谥号襄毅。
項忠為人倜傥，胸懷大略，精通軍務，剛正不阿，善于處理政事，因此他所任職之處，都受到人們特别稱贊。