，應該設立社學，編制保甲，以此斷絕盜賊之源。
”孝宗全都允準。
恩城知州岑欽進攻田州，趕走田州知府岑溥，與泗城知州岑應分據其地，秦..帶兵進入田州趕跑岑欽，岑溥返回知府，秦..留官軍駐守，内亂平定。
又遣将征讨平息了黎族叛亂者陵水、瑤族叛亂者德慶。
秦..剛赴鎮守任時，就彈劾總兵官安遠侯柳景貪婪殘暴，将其逮捕下獄。
柳景也揭發秦..，經調查無佐證，司法部門判柳景死罪。
柳景與周太後家連姻，有得力的靠山，不停地攻擊秦..，朝廷下诏連秦..一并逮捕，經審訊終究無罪。
下诏寬免柳景死罪，削爵閑住，而秦..也免官歸鄉。
大臣王恕等請求留下秦..，孝宗并不采納。
朝臣又接連上奏章說秦..有大可用之處。
過數月，起用為南京戶部尚書。
十一年(1498)，因病離職。
十四年(1501)秋，敵寇大肆進攻花馬池，在孔霸溝打敗官軍，直抵平涼。
有人說秦..有威名，雖然年老但仍可任用。
朝廷下诏起任他為戶部尚書兼右副都禦史，統領三邊軍務。
秦..急馳到固原，巡行戰敗的地方，親自祭奠陣亡将士，掩埋其屍骨。
奏報記載為國捐軀指揮朱鼎等五人，撫恤戰死者的家屬，彈劾處置敗将楊琳等四人的罪，更換守将。
選擇壯士、興屯田，再次申明号令，軍威大振。
當初，敵寇未進入河套，平涼、固原均處内地無憂患。
自孛來定居放牧後，固原為軍事要沖，是平涼、慶陽、臨洮、鞏昌的門戶，而城市狹隘民衆困窮，兵力單弱，商販不來，秦..就擴展城郭，招來商賈，建議改為州，而自己留下調度管束。
向朝廷奏道：“固原主、客兵隻有一萬八千人，分守二十四個城堡，勢分力弱，應該增兵。
舊臨洮、鞏昌、秦州諸軍每年要赴甘州、涼州設防。
而其他地方如有戰事，又從甘州、涼州調兵，或是派京軍征讨。
京師是國家的根本，邊将手握重兵，而一遇有事總是動用京軍，這不是強幹弱枝之道。
請求自今後京兵毋随便派遣，臨洮、鞏昌、甘州、涼州諸軍也應該各還本鎮，隻選通曉軍事的老将一二人各守其地，人以軍隊為家，軍隊服從将領的命令，心情愉快地服兵役，這樣就有戰鬥力，計劃就能實行。
”
秦..見固原向北連綿千裡，閑田數十萬頃，