曠野接近邊境，無城堡可依托。
主張于花馬池向西延綿至小鹽池二百裡，每二十裡築一堡，堡周長四十八丈，役使士兵五百人。
固原向北綿延各處也各築屯堡，招募人丁屯種，每頃交賦稅米五石，可以得到五十萬石。
規劃已定，而甯夏巡撫劉憲作梗，秦..于是奏道：“我私下觀察三邊的情形，延綏、甘州、涼州地雖廣闊，而兵強馬壯，甯夏怯弱，卻有河山險阻，唯花馬池至固原，軍隊既怯弱，墩台又間隔疏遠，敵騎得以長驅深入，因此應該增築墩堡，韋州、豫望城諸處也這樣。
現在固原向南斜行的修築工事即将完成，唯有花馬池向北綿延二百裡，應當築十堡，而劉憲故造危言阻攔，垂成之功将被廢，懇求命令劉憲掌握三邊，而改換臣撫甯夏，使得以完成邊防工事，辦起事來也方便些。
”皇帝下诏責備劉憲，劉憲伏罪，終于實施秦..的計劃。
修築諸邊城堡一萬四千餘所，矮牆濠溝六千四百餘裡，固原屹立成為重鎮。
秦..又憑自己所想制作戰車，取名為“全勝車”。
孝宗下诏将這種戰車的形式推行于各邊塞。
經過三年治理，四鎮安逸，前後治理西方邊陲的都沒有他的功勞大。
十七年(1504)，加封太子少保，召還掌戶部事務。
秦..以年老接連呈奏章盡力推辭，懇求辭官回家。
孝宗下诏賜他敕書、乘坐驿道馬車返回家鄉，月糧供應和奴仆歲役一如舊制。
第二年九月去世，享年八十。
追贈少保，谥号襄毅。
秦..清廉忠直異于常人，妻子兒女連菜湯麥屑做的飯也常常吃不飽。
他性格剛毅果敢，勇于除害，從不為自己考慮，士大夫不管認不認識他的都稱贊他為偉人。
在兩廣被逮捕時，他正在商量征讨後山的賊，将軍事處理完畢，從容上路，儀仗及車後侍從一點不馬虎，越過山嶺，才去官服束手就囚。
他對官吏、将校說“：西廣少數民族雜處，總都體制尊嚴，突然被逮捕，有損國威，現在既然越過山嶺，就是真正的囚犯了。
”其如此莊重得體。
正德五年(1510)，劉瑾亂政，秦..家奴對秦..内弟楊瑾不滿，借秦..送内弟火炮之事向校尉告密，誣陷楊瑾收藏違禁軍器。
劉瑾發怒，歸罪于秦..，抄其家，什麼沒得到。
言官張九叙、塗敬等又承劉瑾之意彈劾秦..，士大夫對此嗤之以鼻。