舒芬棒傷很重，幾乎死去，擡到翰林院中。
主管翰林院的害怕連累自己，命令将舒芬丢出去，舒芬說：“我在此處做官，就死在這裡。
”竟然被貶為福建市舶提舉副使，他帶着包紮的傷口起程赴任。
明世宗即位，召還舊職。
嘉靖三年(1524)春，昭聖太後壽辰，皇帝下诏免諸位命婦朝賀。
舒芬說“：先前興國太後生日，官宦夫人朝賀一如禮儀，現在皇太後生日，忽然免去此項禮儀，恐怕輕重不當，請求收回成命，以表示對皇上的孝心。
”世宗發怒，削去舒芬三個月俸祿。
這時世宗要尊崇自己的的親生父母。
舒芬與同僚一起接連上奏章極力進谏。
等到張璁、桂萼、方獻夫一下子提升為學士，舒芬和修撰楊維聰、編修王思羞與張璁等同伍，上疏請求辭職。
沒多久，又與修撰楊慎等伏在左順門哭着勸谏世宗，世宗發怒，将他們下诏獄，并施以杖刑，又同上一次一樣削去三個月俸祿。
不久舒芬因母親去世而回家，後來死在家裡，終年四十四歲。
世稱“忠孝狀元”。
舒芬身材挺拔，神采飛揚，氣節高尚，端坐整日而無倦容，晚上則檢查自己有否過失，有就進行自我批評。
将倡導傳統學術為己任。
舒芬的學問貫通諸經，并且通曉天文律令和曆法，尤其精通《周禮》。
他曾說“：《周禮》和《儀禮》、《禮記》的關系，就像三國的蜀和東吳、曹魏一樣。
賈氏說《儀禮》為本，《周禮》為末，這樣說是荒謬的。
朱子不加訂正，為什麼呢？”舒芬病危時，兒子問他有什麼話要說，他僅隻提及未來得及弘揚《周禮》為自己終生的遺憾。
有學問的人稱舒芬為“梓溪先生”。
萬曆年間，追贈谥号“文節”。
先前修撰羅倫由于進谏被貶任福建提舉，過了六十年而舒芬步其後塵。
舒芬與羅倫是同經秀同官職，所貶任的地方和貶任的官職又相同，福建士大夫在祀祭舒芬時，将羅倫一起祀祭。