削職為民。
正德三年(1508)六月二十六日，退朝後，有人将匿名奏章放置在禦道上，信中一一列舉劉瑾罪行，武宗下诏書要文武百官全部跪在奉天門外。
不久，拘捕三百多名官員關進皇家監獄。
第二天，東陽等盡力解救，時逢劉瑾也查訪到匿名奏章是太監所投放的，衆官員才獲得釋放。
後來過了幾天，東陽上奏章請求寬免撫恤等幾件事，奏章下達到有關部門。
不久戶部又上奏章，說糧草虧損，自有專門負責的官員，巡撫官掌管大政，應該從輕減罪。
劉瑾大怒，矯造幾百字的聖旨責問，朝廷内外都為之震驚歎息。
劉瑾擔心盜賊越來越厲害，想派兵看守盜賊家屬并鄰裡以及為他窩藏财物的人家。
有人自稱抓獲盜賊七十人，所管部門要用新例處理，東陽說，如果這樣，那麼百年的案子都可以追究，這才免除了。
劉健、謝遷、劉大夏、楊一清以及平江伯陳熊一類人幾乎遭到危險，都依賴東陽而得到化解。
東陽用隐蔽的手法默默地保全善良之輩，天下人暗中受到他的庇護，然而氣節之士大多責怪他。
侍郎羅王已寫信給東陽，勸他早日退職，以至于到請求削除自己的門生身分。
東陽看到信，低頭長歎罷了。
焦芳已經與宦官串通一氣，王鏊雖然保持正派，但不能與劉瑾抗衡，李東陽就援引楊廷和共同處理政事，勉強配合依靠以此自立。
不久，王鏊辭去官位，接替的人劉宇、曹元都是劉瑾的黨羽，東陽更加孤立。
東陽以前已加少師兼太子太師職位，後來劉瑾想給焦芳加官，下诏書讓東陽享受正一品俸祿。
正德四年(1509)五月，《孝宗實錄》編纂完畢，凡參加編纂諸臣應當按次序提升官職，所管部門引用編纂《會典》的先例，提升諸臣官職。
诏書下達，借劉健等以前纂修《會典》多有浪費，全部取消所升職位，東陽也被降低俸祿。
過了幾天，才以編纂《實錄》的功勞恢複被降俸祿。
正德五年(1510)春，久旱無雨，皇帝下達诏書減免囚犯的刑法處置。
東陽等人趁機提出幾條诏書上未有的内容，明武宗完全同意如此辦理。
而法律部門害怕劉瑾，減免死罪的隻有二人。
這年秋天，劉瑾被誅殺，東陽于是呈上奏章自行陳述說“：臣在靠近皇帝所居的翰林院官署湊數，與劉瑾主管的事有關聯。
凡是調皇帝的诏書或撰寫敕令，有的被劉瑾再三駁斥，有的被劉瑾擅自篡改，有的被劉瑾拿回自己的住所，借他人之手寫成，有的他傳遞出來借要人用黃紙謄寫之機，逼令诏書之意符合他的意圖，這樣就真假混淆，無法