于與汪直意見不合被罷免，于是改任王恕掌管南京都察院，協助守備處理機要事務，彈劾錢能的事立即化解，潘蕃因将調查錢能收賄的事實報上，皇上卻擱置不問。
王恕在雲南任職九個月，威名傳到境外，黔國公以下都謹慎地服從政令。
王恕一共二十次上疏，正直的名聲震撼天下。
當時，安南接納江西叛人王某作為領頭，偷偷地派遣間諜進入臨安，又在蒙自市鑄造兵器，準備伺機偷襲雲南。
王恕要求增設副使二名，用以加強邊備，王某等的陰謀則沒有得逞。
到南京幾個月，王恕升為兵部尚書，仍兼協助守備處理機要事務。
他選拔部屬時嚴禁熟人說情，與他同事的人都不高興。
而錢能回來後屢次在憲宗面前進讒言。
憲宗對王恕多次直言相勸也不滿意，就命王恕兼右副都禦史巡撫南畿。
按舊制，對應天、鎮江、太平、甯國、廣德的官田征收租額的一半，民田田租全免。
後來，民田大都歸于豪門，而官田拖累貧民。
王恕就酌量減少官田虧損，稍稍增加民田負擔。
常州當時有額外多征的糧米，他就奏報朝廷以六萬石大米補夏季田稅缺額，又補其他府戶口鹽鈔稅六百萬貫，公私兩便。
所轄區發生水災，他奏免秋糧六十餘萬石。
四處救濟借貸，救活二百餘萬人。
江南每年向内府輸送白熟粳糯米十七萬餘石，送交各府部糙粳米四萬四千餘石，百姓很多因此破産，而光祿寺一概供應給廚子、工匠。
此外宦官橫征暴斂，各地輸送上的貢物，負責收貢物的官員一概都超額索取。
織造絲綢以及采花捕鳥的人，道路上絡繹不絕。
王恕先後向朝廷陳述其害，意見都不被采納。
宦官王敬攜同妖人千戶王臣南行收羅藥物、珍玩，所到之處騷擾不安，縣令很多被侮辱。
王敬一行到了蘇州，召諸生寫妖書，諸生大嘩。
王敬奏告諸生違抗命令。
王恕急忙上疏說：“正值災年，應該遣使赈濟，王敬反而橫蠻地索取珍玩。
以前唐太宗暗示梁州獻名鷹，唐明皇命令益州織半臂衤背子的異服，獻琵琶杆撥子、镂牙合子諸物，李大亮、蘇廷頁拒不奉诏。
臣雖比不上他們，卻敬慕李大亮這樣的人。
”接着把王敬等的罪狀全都一一列出。
王敬也誣奏王恕，并牽涉到常州知府孫仁，孫仁被逮捕。
孫仁是江西新淦人，由進士到知府，為人正直嚴厲，王敬來時孫仁沒表示恭敬，由此得罪了王敬。
王恕上書直言救孫仁，三次上疏彈劾王敬。
正碰上宦官尚銘也揭發王敬的罪狀，于是将王敬等逮進監獄，罰其黨徒十九人戍邊，而将王敬在街市殺頭示衆。
将王敬的首級送到南京。
孫仁也被釋放，後來官至巡撫甯夏右副都禦史。
二十年(1484)，又改任王恕為南京兵部尚書。
此時錢能也