守備南京，對人說“：王公，是天界之人，我恭敬侍奉而已。
”王恕坦誠待他，錢能終于收斂多了。
林俊被下獄，王恕上疏說：“天地隻有一壇，祖宗隻有一廟，而佛卻有千餘座寺。
修建一寺，移民有數百家，花費國庫幾十萬兩銀子，這是很不應當的。
林俊說的對，不應該判罪。
”憲宗見到疏不高興。
王恕對事情從容陳述毫不回避。
先後應诏陳述問題有二十一次，提建議三十九次，都是極力阻止有權勢為皇帝寵幸者的胡作非為，天下人傾心敬仰他，每當政事遇到不合理的情況，必定有人說：“王公怎麼不說呢？”要不就說“：王公疏馬上到了。
”事畢，王恕疏文果然到了。
當時歌謠說：“兩京十二部，獨有一王恕。
”于是權貴近幸都對他十分嫌恨，憲宗也對他頗感厭煩。
二十二年(1486)，起用傳奉官，王恕進谏更加深切，憲宗愈加不高興。
王恕先已被加封太子少保，時逢南京兵部侍郎馬顯請求辭官，忽然在批文上附上王恕以太子少保退休。
朝野大為驚駭。
王恕數為巡撫，從侍郎到尚書、都在留都(南京)。
由于好說直話，終于不能呆在朝廷。
回到家鄉後，名望更高，廷臣不斷向上推薦他，工部主事仙居縣的王純把王恕比作東漢的汲黯，以至受到杖責，被降為思南府推官。
孝宗即位，才采納廷臣的舉薦，召王恕入朝廷為吏部尚書，不久加封太子太保。
先前，朝内外彈劾大學士劉吉的官員，必定舉薦王恕，劉吉因此大為怨恨。
凡是王恕所推舉的，他必定暗中阻撓。
弘治元年(1488)閏正月，言官彈劾兩廣總督宋..、漕運總督丘鼐等三十七人應該降職免職，這其中有很多向來有名望的官員。
劉吉竟然直接領旨予以批準，奏章不下到吏部。
王恕因為不能行使其職權，上疏請求離去，孝宗不批準。
陝西缺巡撫，王恕推薦河南布政使蕭祯。
皇帝下诏另外推選，王恕堅持上奏說：“陛下不因為臣不成器，任臣就職吏部。
如果臣所舉薦無效，是臣的罪過。
現在陛下怎麼知道蕭祯不才而回絕？想必是左右近臣意有所屬。
臣不能指望以順風倒來保住官位。
陛下既認為蕭祯不值任用，則是認為臣不值任用，希望放我回鄉以保全這把老骨頭。
”孝宗終于任用蕭祯。
當時言官多稱王恕辛苦并且年老，不适合擔任繁重的職務，應該安置在内閣參予一些大政要事，最後，南京禦史吳泰等又說這件事。
孝宗說：“朕采用蹇義、王直先例，任王恕在吏部為官，王恕有建議，未曾不聽，何必進入内閣呢？”王恕曾經侍奉孝宗開禦前講席，見孝宗苦于暑熱，請求依照舊例在寒冬酷暑期間暫停禦前講席，仍然将講義呈進宮中。
進士董傑、禦史湯鼐、給事中韓