錦衣衛緝捕，給文升二十二個騎士，保衛他進出。
文升請求退休，孝宗下诏慰留不許。
小王子率數萬騎兵在大同塞下遊牧，氣勢洶洶。
文升因病休假，孝宗派宦官帶太醫去探視，借此問計。
文升說小王子被别的部落才打敗不久，沒有什麼作為，請暗地做些防備，而在外則虛張聲勢地威懾之，那麼小王子必定會離去。
按計實行，果然如此。
文升的繼母去世，孝宗下诏起用他，文升二次上疏推辭，都得不到允準。
西北别部野乜克力的首領分别稱為亦刺思王、滿哥王、亦刺因王，他們各遣使到肅州邊界，請求進貢并且開互市貿易。
巡撫許進、總兵劉甯代其請求，文升說互市可以，入貢不行。
入貢之請就推辭了。
吐魯番襲擊占領了陝巴，而命令牙蘭據守哈密，僭稱可汗，入侵沙州，迫使罕東諸部依附自己。
馬文升說此寇兇暴乖戾，不給他重創就不知道害怕，宜用漢代陳湯舊例襲斬之。
了解到指揮楊翥熟悉番情，召楊詢問對付的辦法。
楊翥詳細地陳述從罕東到哈密的道路，要求調罕東的三千兵為前鋒，三千漢兵随後，帶上數日的口糧，從小路兼程急進，則可以獲勝。
文升大喜，于是向孝宗彙報，孝宗下诏調罕東、赤斤、哈密的軍隊，命令副總兵彭清率領，隸屬于巡撫許進前去進讨，果然打敗牙蘭，詳情載于《許進傳》。
團營軍士不足，請求從錦衣衛及騰骧四衛中選補。
已獲批準，宦官甯瑾從中阻撓。
文升及兵科蔚春等說诏旨應講信用，意見沒被接納。
陝西發生大地震，文升道“：這是外寇入侵的征兆。
現在火篩正強橫，而國内民困财竭，将懦兵弱。
宜實行仁政來養活人民，研究武備用以鞏固邊防。
節省開支，停辦齋醮，消除傳奉冗員，禁止奏求閑地，每天視朝兩次，勤于政務。
并且撤回陝西織造内臣，救濟撫恤受災人家。
”孝宗接納他的建議，立即召回内臣。
文升在兵部任職十三年，盡心軍務，他多次向上條陳關于屯田、馬政、邊備、守禦等應辦的事。
隻要是對國家有利的，即使并非他本職守，也言無不盡，曾經因為太子年已四歲，應該及早進行教育。
文升請求挑選淳樸嚴