王英馳至開原，再下令招撫。
文升就把功勞歸于汪直，然而汪直内心有愧。
文升又與汪直行對等之禮，視其左右為奴，汪直更加不高興。
而陳钺更加巴結汪直，得到汪直歡心，日夜誣陷文升，意欲打擊中傷文升而找不到機會發作。
文升回來，賜牛羊豬三牲。
第二年春，因為遼東屢次失事，憲宗派汪直同定西侯蔣琬、尚書林聰等去巡視。
時逢餘子俊彈劾陳钺，陳钺懷疑是馬文升的意圖，更加緊排擠文升。
汪直奏告文升行事乖僻，禁止邊人買賣農具，緻使邊人叛亂。
憲宗就将文升捕入诏獄，貶去戍守重慶衛。
汪直已經排擠掉馬文升，則與陳钺大肆發兵冒取戰功，陳钺由此驟升至尚書。
十九年(1483)，汪直垮台，馬文升恢複官職。
第二年被起用為左副都禦史巡撫遼東。
文升是第三次到遼東，遼東軍民聽說他要來了都歡欣鼓舞。
文升來後進一步約束宦官，總兵不得随意克扣，人們更加高興。
二十一年(1485)，馬文升晉職為右都禦史，總督漕運。
淮安、徐州、和州發生饑荒，文升從江南調去十萬石糧食、鹽價銀五萬兩救濟。
這年冬天，召為兵部尚書。
第二年，被李孜省誣陷，調到南京。
孝宗即位，授馬文升左都禦史職。
弘治元年(1488)，上言道：“憲宗朝，嶽鎮、海渎諸神廟，采用方士的話放置石匣子，周圍環繞符..，貯存金書道經、金銀錢、寶石以及五谷作為壓邪物，應該銷毀。
”意見被接納。
他又上言十五件事，經過讨論後全都付諸實行。
孝宗仿古天子親耕籍田，教坊進獻雜劇。
文升嚴肅地說：“新任天子應當知道農事的艱難，演戲是什麼意思？”孝宗立即趕走教坊人員。
禦史徐瑁、賀霖因沒順從皇帝的旨意被下獄。
文升說天子初政不宜立即懲罰言官，徐、賀被釋放。
不久孝宗命文升提督十二團營。
第二年，代餘子俊為兵部尚書，仍督團營。
當時天下持久太平、兵政荒廢松弛、西北部落少數民族時時伺機入侵。
文升嚴格考查将校，貶退三十餘個貪婪懦弱的軍官，奸人對他十分怨恨，夜間持弓伺其門旁，有的寫謗書射入東長安門内。
孝宗知道了，诏