三次遷官至兵科給事中。
右都督毛倫因為附随劉瑾而被論判處死，剝奪他的世襲蔭庇的特權。
毛倫曾經對錢甯有恩德，依靠錢甯為内援，毛倫的兒子請求恢複世襲。
潘埙等人力争反對，而錢甯從中做主，息止他們的奏請。
很快皇帝就下旨将潘埙和吏科給事中呂經各進官一級，從朝廷調出到外地，舉朝都感到震驚。
給事中邵錫、禦史王金等人都上章請求将他們留在朝廷，但沒有結果。
于是添注潘埙為開州同知。
嘉靖七年(1528)加官為右副都禦史，巡撫河南。
潞州巨盜陳卿占據青羊山進行叛亂，山西巡撫江潮、常道先後讨伐敵賊但未見成效，于是命令潘埙會剿。
潘埙與常道謀劃說：“敵賊占守天險，難以陣攻。
現在合諸路兵士夾攻，出其不意奪下天險，就可以擒獲敵人。
”于是将軍隊分為五哨三路攻入，招募當地人士作為向導。
首次攻奪井腦，敵賊全部上來争奪險要。
官軍奮擊，大破敵賊，追趕到莎草嶺，燒毀安陽的諸多巢穴。
山東副使牛鸾由潞城攻入，攻破敵賊李莊泉。
當天晚上，河南副使翟瓒搗毀陳卿巢穴，陳卿敗走。
翟瓒追趕到栾莊山又打敗敵人，又在神河打敗敵人。
山西佥事陳大綱也多次威迫敵人，先後俘虜敵軍二千三百多人。
從進兵到搜滅賊巢，共二十九日。
捷報傳來，皇帝準備大賞，派遣給事中夏言前往核實，尚未報告結果時，河南發生大饑荒，潘埙沒有及時救濟饑民，但河南知府範..沒有等到報告批下來，就開倉發糧，黎民感德而歌頌他。
但對潘埙的怨聲大起，流言傳到宮中。
皇帝深切責罰巡撫、巡按隐瞞災情。
潘埙惶恐地承認自己有罪，并且歸罪于範..，于是被給事中蔡經等人所彈劾。
皇帝下诏罷除潘埙，永不叙用。
夏言核實上次平息叛賊的功勞時，潘埙功居首位。
桂萼讨厭他，隻賜銀币。
潘埙八十七歲時去世。