法律處理。
朱纨上疏說“：現在海禁分明，不知由什麼原因被擄，由什麼原因脅從。
如果以引進番導來寇為強盜，海洋敵對為拒捕，我很愚昧，實在不能理解。
”于是朝廷讓他不須請示靈活處置、殺戮。
朱纨執法非常堅決，勢豪之家都感到恐懼。
貢使周良安插已定，閩人林懋和為主客司，宣言應當放他回去。
朱纨因為中國制馭諸番，應當遵守大信，谏争得很強烈。
就說：“除去外國強盜容易，除中國強盜困難。
除去中國瀕海的強盜還容易，除去中國衣寇的強盜特别困難。
”閩、浙的人更加恨他，竟勒令周良還泊海嶼，以等候貢期。
吏部采用禦史閩人周亮和給事中葉镗的話，上奏改朱纨為巡視，以減少他的權力。
朱纨憤怒，第二年春天上疏說：“我整頓海防，稍有次第，周亮想侵削我的權力，緻使我管的官吏不肯聽我的命令。
”既而又陳述明國事、正憲體、定紀綱、扼要害、除禍本、重決斷六事，語言多有憤激。
中朝士大夫先聽進浙、閩人的話，也有不喜歡朱纨的人。
朱纨前往讨伐溫、盤、南麂諸賊，連戰三月，大破敵軍，還平息處州礦盜。
這一年的三月，佛郎機國人到诏安進行搶劫。
朱纨攻擊擒獲他們的頭領李光頭等九十六人，又用相機處理之法将他們殺戮。
并将情況報告給皇帝，語言中又侵犯了諸勢豪之家。
禦史陳九德于是彈劾朱纨擅自殺戮。
于是免去朱纨的官職，命令兵科都給事中杜汝祯考察審問。
朱纨聽說後，慷慨流涕說：“我貧窮而且有病，又意氣自負，不能對簿公堂。
縱使皇帝不想殺我，閩、浙人一定會殺我。
我死，自己解決，不須他人。
”寫墓志，作絕命詞，飲藥而死。
二十九年(1550)，給事中杜汝祯、巡按禦史陳宗夔回來，說是奸民鬻販拒捕，沒有僭号流劫之事，問朱纨擅殺之罪。
皇帝下诏令逮捕朱纨，朱纨在這以前已經死了。
柯喬、盧镗等人一并被處死刑。
朱纨清強峭直，勇于任事。
想為國家杜絕禍亂的根源，才被勢豪之家陷害，朝野人士都為他歎息。
自從朱纨死後，罷去巡視大臣官職不設，朝廷内外都搖手不敢說海禁方面的事。
浙中衛所四十一個，戰船四百三十九艘，軍籍盡為耗散。
朱纨将福清捕獲的盜船四十多艘，分布在海道，在台州海門衛的有十四艘，作為黃岩的外部屏障。
副使丁湛全部将它們遣散，撤消防備放開海禁。
不久，海寇大作，荼毒東南有十多年。