朱纨，字子純，長洲人。
正德十六年(1521)進士。
封官景州知州，調到開州。
嘉靖年初期，遷南京刑部員外郎。
曆四川兵備副使。
與副總兵何卿共同平定深溝諸砦番。
五遷到廣東左布政使。
二十五年提升為右副都禦史，巡撫南、贛。
第二年七月，倭寇出現，改任提督浙、閩海防軍務之職，巡撫浙江。
起初，明祖定下制度，不許片闆入海。
承平日久，奸民擅自出入，勾結倭人和佛郎機諸國的人到中國互相做買賣。
閩人李光頭、歙人許棟占據甯波的雙嶼，做該地的統治者，掌管它的質契。
有勢的人家維護支持他們，漳、泉的這種家庭比較多，或者與他們通婚姻。
假借濟渡的名義，制造雙桅大船，運載禁運物資，将吏對此不敢诘問。
有的人欠他們的債，許棟等人就引誘他們攻打搶劫。
欠債的人威脅說将吏要逮捕驅逐他們，洩露出征時間讓他們離去，期望他日償還。
到期後，仍然像以前一樣欠債。
倭寇大怨恨，更加與許棟等人合作。
而浙、閩海防長久毀壞，戰船、哨船十艘隻剩下一兩艘，漳、泉巡檢司弓箭兵舊額二千五百多人，現在隻有千人。
倭人搶劫掠奪總是得志，更加無所顧忌，來進行搶掠的接踵不斷。
朱纨巡視海道，采用佥事項高和士民的話，說不革除渡船，那麼海道就不能清理，不嚴保甲則海防不可能得到恢複，上疏皇帝列舉具體情況。
從此革渡船，嚴保甲、搜捕奸民。
閩人衣食靠海來維持，突然喪失重利，即使是士大夫之家，也覺不便，想阻止破壞這種制度。
朱纨讨伐平定覆鼎山的叛賊。
第二年将進攻雙嶼，讓副使柯喬、都指揮黎秀分别駐紮漳、泉、福甯，遏止敵賊奔逸，讓都司盧镗率領福清的兵士從海門進入。
而日本的貢使周良違背舊約，以六百人先期到達。
朱纨奉诏對此進行靈活處理。
估計不可能推卻，于是要周良自我表明，并且下不為例。
命人登記他們的船，将周良引進甯波賓館。
奸民投書激變，朱纨防範甚密，使他們的詭計不能得逞。
夏天四月，盧镗在九山洋遇到敵賊，俘虜日本國人天稽，許棟也被擒。
許棟的同黨汪直等人收集餘衆逃遁，盧镗築塞雙嶼後回來。
番船後到的不能進入雙嶼，分别停泊在南麂、礁門、青山、下八諸島。
勢豪之家既然失利，就公開揚言被擒的人都是良民，不是賊黨，以此來蠱惑人心。
又挾制有司，輕的按脅從被擄的罪名加以處理，嚴重犯罪的則按強盜拒捕的