、王清溪進谒胡宗憲，胡宗憲盡心撫慰，并令汪直等去杭州見王本固。
王本固将汪直等人關進監獄。
宗憲上疏請為汪直贖死罪，讓汪直戍守海疆，以籠絡番夷之心。
王本固上書強烈反對，而社會輿論說宗憲受了汪直等人的賄賂。
胡宗憲很害怕，就改變了主意。
汪直論以死罪，葉碧川、王清溪充軍邊塞。
汪誢與謝和于是肢解了夏正，駐紮舟山，守駐岑港。
官軍四面合圍，賊人殊死搏鬥，傷亡甚多。
到了第二年春天，大批新的倭寇增援而來，朝廷嚴旨斥責宗憲。
胡宗憲害怕朝廷降罪，上疏陳述戰功，說賊人指日可滅。
有關部門指斥其為荒謬之言。
嘉靖帝大怒，盡數剝奪俞大猷等将官之職，嚴厲地斥責胡宗憲，命令他在指定期限平定倭患。
這時趙文華已獲罪處死，胡宗憲失去内援，他見倭患來了，想讨好皇上，恰好在舟山得到一隻白鹿，胡宗憲将白鹿獻于皇上，嘉靖帝大為高興，行告廟祭禮，厚賞銀币。
不久，胡宗憲又上一隻白鹿，嘉靖帝愈發高興，在玄極寶殿及太廟行祭禮酬謝，朝廷百官也前來祝賀，賜加胡宗憲俸祿。
不久之後，岑港海寇移駐柯梅，官軍多次進攻而不能得手。
禦史李瑚彈劾胡宗憲，說他誘捕汪直，挑起釁端。
王本固和給事中劉堯誨也上疏彈劾老師放縱海寇，請剝奪胡宗憲的各項獎賞。
嘉靖帝命群臣讨論，大家都說胡宗憲功勞多，不宜罷免。
嘉靖念其擒獲汪直之功，命令胡宗憲仍官居原職。
海寇移駐柯梅後，制造巨大的艦船作為逃走的運載工具。
大船竣工後，胡宗憲認為海寇走有利于自己，因此，并不攻擊敵人。
海寇将大船駕駛到浯嶼，大肆攻掠福建沿海州縣。
福建人大噪，說胡宗憲嫁禍閩人。
禦史李瑚又疏劾胡宗憲三大罪。
李瑚與俞大猷都是福建籍人，胡宗憲懷疑俞大猷說了什麼，于是上疏彈劾俞大猷消極作戰，因此俞大猷被捕入獄。
此時，江北、福建、廣東皆為倭寇所害。
胡宗憲雖然盡督東南數十府，但道路迢迢，隻是遙控而已，不能詳加籌劃。
然而一有小勝就論功獎賞，這樣的事無月不有，如果戰敗了，卻不追究責任。
嘉靖三十八年(1559)，海寇大舉攻掠溫州、台州，并有另外一支海寇侵擾沿海諸縣。
給事中羅嘉賓、禦史龐尚鵬奉诏調查此事，說胡宗憲縱養海寇，當置重刑。
嘉靖帝并不追究。
第二年，論平汪直之功，加胡宗憲為太子太保