賊沿海向東掠去，李遂高興地說“：敵賊沒有能力打了。
”下令劉景韶、丘陛尾随其後，而在廟灣招引敵賊。
又顧慮到敵賊突向淮安，于是夜半奔馳入城。
敵賊不久就到達，李遂督參将曹克新等人在姚家蕩抵禦他們。
通政唐順之、副總兵劉顯前來支援，敵賊大敗逃走，用餘衆保廟灣。
劉景韶也在印莊打敗敵賊，追趕到新河口，焚殺敵人甚衆。
廟灣敵賊占據險要不出，進攻了一個多月，還不能攻克。
李遂命令劉景韶堵塞塹要、砍樹木壓平壘陣，用火焚敵舟，敵賊乘夜雨潛逃。
官軍占據敵人的巢穴，追趕敵人到蝦子港，江北的倭寇全部被平息。
皇帝大喜，用玺書獎勵官兵。
駐紮在崇明三沙的敵人，準備侵犯揚州。
劉景韶與他們交戰，連連取得勝利，将他們圍困在劉莊。
等待劉顯來支援，李遂下檄令諸軍都歸劉顯指揮。
攻破敵人巢穴，将敵賊追趕到白駒場，敵賊全部被殲。
這時李遂已遷南京兵部侍郎。
評定功勞，賜予他一個兒子官職，賞賜銀币。
禦史陳志核實奏上李遂平定倭寇的功勞，前後二十餘次戰鬥，斬獲三千八百多人。
再次贈予一子世襲千戶，增加俸祿二級。
他莅臨南京剛剛數月，振武營發生軍變。
振武營是尚書張鏊招募健兒來抵禦倭寇的，向來驕悍。
舊制，南軍有妻子的，月糧米一石；無妻子的，減少十分之四；春季和秋季的第二個月，米一石折銀五錢。
馬坤掌管南京戶部，上奏減折色之一，督儲侍郎黃懋官又上奏革除新募補額之人的妻糧，諸軍非常怨恨。
替代馬坤的人蔡克廉正在病中，諸軍因這一年發生饑荒向黃懋官請求恢複折色到原來的定額。
黃懋官不許可，發放糧饷又超過期限。
三十九年(1560)二月檢閱演習那天，振武營士兵在黃懋官公署鼓噪。
黃懋官緊急招張鏊和守備太監何绶、魏國公徐鵬舉、臨淮侯李庭竹及李遂到來，這時諸營軍已經武裝進入裡面來，給他們銀