承蒙陛下特别提升，也還每事依違，不敢主持正義，不可不說是他負國。
希望陛下聽信我的話，察知嚴嵩的奸邪。
或者召問裕、景二王子，或者詢問諸位閣臣。
嚴嵩罪重則置以憲律，輕則勒令他辭職。
内賊既然被除去，外賊也就自然而然被除去。
即使是俺答也必定畏怕陛下的聖斷，不戰而喪膽啊。
”
疏章呈入，皇帝已經發怒。
嚴嵩看見有召問二王的話，高興地說可以指這為罪，于是秘密與皇上交接。
皇帝更加大怒，将楊繼盛下诏獄，诘問為什麼引二王。
楊繼盛說“：不是二王誰不懾怕嚴嵩呢？”獄上，被杖打一百，讓刑部定罪。
侍郎王學益是嚴嵩的黨徒。
他受嚴嵩的囑咐，想問楊繼盛詐傳親王令旨律的罪将他絞死，郎中史朝賓堅持不同意。
嚴嵩憤怒，将他谪出朝廷。
于是尚書何鳌不敢違抗嚴嵩，竟然像嚴嵩所指的那樣定案，但皇帝還不想殺楊繼盛。
他被拘囚三年，有人向嚴嵩營救楊繼盛。
嚴嵩的黨徒胡植、鄢懋卿警惕地說：“公不見養虎的人，将自贻禍患。
”嚴嵩點頭。
正遇上都禦史張經、李天寵坐大辟之罪。
嚴嵩揣測皇帝的意圖必定殺死二人，等到秋審的時候，就附楊繼盛的名一并奏上，得到了皇上批複。
楊繼盛的妻子張氏伏在殿阙上上書說“：我的丈夫楊繼盛誤聽市井之言，還習慣于書生之見，于是抒發狂論。
聖明不即加戮，使從吏議。
兩次經過上奏被審判定罪，都承受皇上的寬宥之恩。
現在突然闌入張經的疏尾，奉旨處決。
我仰望的隻有聖德，草木昆蟲都想得到處所，豈惜回首一次，下察沉冤。
倘若因為罪重，必不可赦，希望立即斬臣妾我的首級，來代夫誅。
我的丈夫雖然遠禦魑魅，必能戰死疆場，來報效君父。
”嚴嵩将此書扣下不奏，于是在三十四年(1555)十月初一楊繼盛在西市被執行死刑，屍體暴露街頭，這時四十歲。
楊繼盛臨刑時賦詩說：“浩氣還太虛，丹心照千古。
生平未報恩，留作忠魂補。
”天下相互涕泣傳頌這件事。
起初，楊繼盛将被杖打時，有的人贈給他蟒蛇膽。
楊繼盛推卻說“：椒山自有膽，要蟒蛇膽幹什麼！”椒山是楊繼盛的别名。
等到入獄後，創傷很厲害。
半夜蘇醒過來，摔碎瓷碗，用手拿碎片割腐肉。
肉被割盡，筋挂膜，又用手截去。
獄卒拿着燈顫抖欲墜。
楊繼盛意氣自如。
朝審時，觀看他的人堵塞大路，都很歎息，還有為他哭泣的人。
這以後七年，嚴嵩敗露。
穆宗即位，撫恤直谏的諸臣，以楊繼盛為首。
贈太常少卿，谥号忠愍，予以祭葬，任命他一子為官。
之後，又聽從禦史郝言的話，在保定為他建祠，定名旌忠。