而任用徐階。
等到鄒應龍的奏章呈入，皇帝于是勒令嚴嵩辭職，将嚴世蕃等人下诏獄，提升鄒應龍為通政司參議。
但是皇帝雖然罷去嚴嵩，仍念他贊修玄功，心中還忽忽不樂，手劄曉谕徐階說：“嚴嵩已退，他的兒子也已經伏罪，敢再說的人，當與鄒應龍一并斬首。
”鄒應龍深感自危，不敢上任，依靠徐階調和護持始任職。
禦史張木賈巡鹽河東，不知道皇帝的意旨，上疏說：“陛下已經顯升鄒應龍，但王宗茂、趙錦等人是首先揭發大奸的人沒有被召封，是首發者不賞。
”皇帝大怒，立即逮捕他到京城，杖打六十，貶斥為民。
直到後來，嚴世蕃被誅，鄒應龍才感到自安。
隆慶年初期，鄒應龍以副都禦史的身份總理江西、江南鹽屯。
遷工部右侍郎。
鎮守雲南黔國公沐朝弼驕橫恣肆，廷議派遣有威望的大臣鎮住他，于是改任鄒應龍為兵部侍郎兼右佥都禦史巡撫雲南。
鄒應龍到達後揭發沐朝弼的罪狀，沐朝弼終被逮捕。
萬曆改年号，鐵索箐賊叛亂，鄒應龍将他讨平。
之後，番人木母犭發造反，鄒應龍合土漢之兵進軍讨伐，斬殲俘獲敵人各一千多人。
鄒應龍有才氣，起初以彈劾嚴嵩得名，驟然達到通官顯貴。
等到任太常時，省察北郊牲祭，東廠太監馮保傳呼而至，有專人将其引入，鄒應龍看見馮保正面燃香，俨然像天子一樣。
鄒應龍大為驚駭，彈劾馮保僭越放肆，馮保非常懷恨他。
到這時，京察自己述職，馮保為了報複，令鄒應龍辭職。
臨安土官普崇明、普崇新兄弟構争。
普崇明引借廣南侬兵作為援助，普崇新則召交州兵。
之後，交州兵退去，而侬兵還留在當地，鄒應龍命令部将楊守廉前往剿殲。
楊守廉搶掠村落，殺人。
被侬賊所乘，再次打敗官軍，人們将罪歸咎到鄒應龍身上。
鄒應龍聽說自己已被罷官，不等代替的人到達就徑直回家鄉。
代替他的人王凝想自以為功，力排鄒應龍。
給事中裴應章于是彈劾鄒應龍誤事。
巡按禦史郭廷梧向來不喜歡鄒應龍，調查結果如王凝所說的一樣。
鄒應龍于是被削去官籍，死在家中。
十六年(1588)，陝西巡撫王璇說鄒應龍死後，遺田不到數畝，遺址不過數楹，恤典未能澤及，為朝野所遺憾。
皇帝下令恢複鄒應龍官，對他予以祭葬。