文受到奪俸的處分。
周尚文很有将才，負氣桀骜，所到的地方都與文官相争逐。
文官又往往挫折他，所以他們的關系總是處理不好。
巡撫賈啟彈劾周尚文老而執拗，兵部請求将他調到甘肅。
皇帝不允許，奪去他們各自的俸祿。
巡按張光祖說他們兩人必定不能共處，于是革除周尚文的任職，也貶去賈啟的官俸級别。
吉囊大舉侵入，抵達固原。
劉天和這時已為總督，激勵周尚文立功。
周尚文在黑水苑攻擊吉囊，殺他的兒子叫小十王的人，獲首級一百三十多。
于是任周尚文為都督同知。
二十一年(1542)周尚文因為有人推薦而被任用為東官廳聽征總兵官兼佥後府事。
嚴嵩任禮部尚書，他的兒子嚴世蕃任後府都事，很驕橫。
周尚文當面叱責他，準備上奏彈劾他，嚴嵩道歉，嚴世蕃才得幸免。
嚴嵩調嚴世蕃為治中，以回避周尚文，而對周尚文恨之入骨。
這年秋天周尚文以總兵官的身份鎮守大同，請求朝廷增加糧饷和馬匹。
兵部說周尚文的陳請超過限度，正被诏書切責，而周尚文與巡撫趙錦不和洽，周尚文乞求退休，沒有得到許可，他們天天相互構陷。
禦史王三聘請求調移周尚文鎮守其他地方。
朝廷讨論說：大同地處敵人要沖，周尚文借此逃避，不應當堕入他的計謀。
于是讓趙錦任甘肅巡撫。
吉囊數萬騎兵侵犯前衛。
周尚文在黑山與他交戰，殺掉他的兒子滿罕歹，追到涼城。
斬俘敵人甚多，周尚文晉升為右都督。
不久，敵寇由宣府直逼畿甸，出大同關塞而向北去。
周尚文半路攔擊他們，稍有俘獲。
後敵寇又大舉侵犯鹁鴿谷，準備南下。
周尚文在陽和防備，派遣騎兵四出攻擊敵寇。
敵寇逃遁，朝廷賜敕獎賞慰勞他們。
總督翁萬達建議修築邊牆，從宣府西的陽和到大同的開山口，延袤二百多裡，由周尚文負責。
于是加築陽和以西到山西丫角山，共四百多