何卿、朱纨銀币，晉升何卿為署都督同知，鎮守如故。
過了很久，何卿因疾病辭官。
二十三年(1544)，塞上戰事頻起。
朝廷召何卿，何卿以疾病相辭。
皇帝發怒，奪去何卿的都督官職，命他以都指揮使的官職到兵部聽候調遣。
不久，敵寇逼近畿輔，命紮營在盧溝橋。
松潘的副總兵李爵被巡撫丘養浩彈劾而罷去官職，皇帝下诏用何卿代替他。
給事中許天倫說何卿賄賂丘養浩彈劾李爵，自為後路。
皇帝發怒，革除何卿和丘養浩的官職，令巡按冉崇禮調查核實。
當時兵事棘手，翁萬達又推薦何卿，恢複他的都督佥事官職，督東官廳軍馬。
之後冉崇禮具言說李爵貪污“，何卿鎮守松潘有十七年，為蜀保障，軍民頌德，但他還貧窮，哪有所得的錢财進行賄賂呢？”皇帝怒意才消解。
四川白草番叛亂，副總兵高岡鳳被彈劾。
兵部尚書路迎上奏讓何卿代替他。
何卿再次莅臨松潘，将士都很喜歡。
何卿于是會聚巡撫張時徹征讨擒獲首惡數人，俘斬九百七十多人，攻克四十七營砦，摧毀四千八百碉房，繳獲馬牛器械儲積各以萬計。
何卿進署都督同知。
何卿素有威望，為番人所忌憚。
自從威茂到松潘、龍安夾道築牆數百裡，行旅往來，沒有剽奪的禍患。
他先後在鎮二十四年，軍民像愛戴慈母一樣愛戴他。
他再次因病回到家鄉。
三十三年(1554)，倭寇侵略海上。
皇帝诏令何卿和沈希儀各率家衆奔赴蘇、松軍門。
第二年何卿充任副總兵，總理浙江和蘇、松海防。
何卿是蜀中名将，不熟悉海道，年紀已老，兵與将不熟悉，竟不能有所作為。
他被巡按禦史周如鬥彈劾而罷除官職，死去。