起送子入學，馬祖昌、葉景清也假意乞求投降。
殷正茂知道他們使詐，征兵四萬，下令由參将李誠立、沈思學、王诏，遊擊王瑞等人分别帶領，張元勳在其中節制他們，監司陳奎、唐九德、顧養廉、吳一介監督這些軍隊，幾路兵馬齊頭并進。
敵賊被打敗，他們還憑借險要進行固守。
官軍搜遍深林邃谷也找不到他們。
而張元勳和唐九德，追擊逃亡叛賊至南嶺，一天一夜跑步趕到顧養廉的戍所，擊破李坑，生擒卓子望等人。
第二年擊破烏禽嶂。
曾仕龍被高山阻攔，張元勳假裝飲酒慶祝，忽然進兵擊破曾仕龍并生擒他。
張元勳先後俘殲大賊頭六十一人，次等賊頭六百多人，擊破大小敵巢七百多所，生擒斬殺敵賊一萬二千多人。
皇帝為他宣傳捷功，告郊廟，晉升張元勳為署都督同知，世蔭百戶。
張元勳又征讨斬殺敵人餘黨一千三百多人，安撫平定投降的人。
倭寇都被平定。
潮州敵賊林道乾的同黨諸良寶被安撫後又行反叛，襲殺官軍，搶掠六百人帶入大海。
侵犯陽江，被打敗後逃走。
他盤據潮州的老巢穴，居住在高山頂上，不出來交戰。
官軍紮營在淤泥之中。
副将李誠立挑戰，墜下馬來跌傷腳，損失二百多人。
敵賊出來搶掠而被打敗，逃回巢穴固守。
張元勳堆積草土和敵賊堡壘平，用火攻擊敵賊，斬殺一千一百多敵人。
這時是萬曆二年(1574)三月。
捷報奏報朝廷，張元勳被增進世蔭一級。
敵賊遺孽魏朝等四巢也向官軍投降。
不久張元勳與胡宗仁共同平定諸良寶的同黨林鳳。
惠州、潮州于是敵賊全無。
這一年冬天，倭寇攻陷銅鼓石、雙魚城。
張元勳在儒洞大破倭寇，俘殲八百多人。
給予真正晉級。
五年，張元勳随從總督淩雲翼大規模征讨羅旁敵賊，斬殺敵賊一萬六千多人。
晉升為都督，改世蔭錦衣衛官。
不久因病辭職，死在家裡。
張元勳出身小校，身經大小戰鬥百十次，威名震嶺南。
他與廣西李錫并稱良将。