帝婚娶大禮，增加他一百石年俸，錄用做錦衣千戶的兒子為指揮佥事；滿十二年考績，加封為少傅；因為遼東的大捷，晉升為太師，增加二百石年俸，兒子由指揮佥事提拔為同知。
現在，追贈上柱國，谥号文忠，皇帝命令四品京官，錦衣堂的長官，司禮太監護送他的靈柩返鄉安葬。
從此張四維開始主持朝政，與居正推薦的王篆、曾省吾等人關系惡化。
開始，皇帝寵幸的宦官張誠遭馮保厭惡被貶出京都。
皇帝派他秘密地調查馮保和張居正。
現在，張誠重返皇宮，詳盡地告發他們兩人相互勾結驕橫恣肆的情況，并稱他們的寶藏超過天府。
皇帝為此動心。
皇帝的左右侍從也都揭發馮保的過失與罪孽，張四維的門徒禦史李植極力訴訟徐爵與馮保通奸行詐的多條罪狀。
皇帝在皇宮拘捕了馮保，把徐爵逮捕投入诏獄。
貶斥馮保到南京的禦居中供事，登記他家的全部金銀珠寶，數額達萬計。
皇帝懷疑張居正也蓄藏很多，心中更加不高興。
言官彈劾王篆、曾省吾的同時也彈劾居正，王篆、曾省吾都被治罪。
剛受提拔的人更加積極地攻擊張居正。
皇帝下诏剝奪了他的上柱國、太師封号，又剝奪了谥号。
所有由張居正推薦的人，都被貶職削官。
皇帝召回吳中行、趙用賢等人，擔當不同的官職。
劉台也被追封官職，償還财産。
禦史羊可立又繼續追究居正的罪行指責居正捏造遼庶人憲火節的獄案。
庶人的妃子趁機奏疏辯白冤屈，而且稱：“庶人以萬計的錢财，都被居正吞食。
”皇帝命令司禮張誠和侍郎丘木舜偕同錦衣指揮、給事中到居正家登記。
張誠等人将到，荊州守令事先登記人口，鎖閉居正的家門，子女們大都逃進空屋中躲避。
等到門開，餓死的有十多人。
張誠等将居正幾個兒子兄弟的家藏全部搜出，獲得萬兩黃金，十多萬兩白銀。
居正的長子禮部主事張敬修忍受不了刑罰，自己屈招寄存二十萬兩白銀在曾省吾、王篆和傅作舟等人那裡。
不久自缢身亡。
事情傳出，申時行等人同六卿大臣聯合奏疏，請求皇帝稍稍寬緩居正家人；刑部尚書潘季馴的奏疏最激動直切。
皇帝下诏保留一所空宅、十頃田，贍養居正的母親。
但是禦史丁此呂又追究科舉考場的事情，稱高啟愚用舜、禹命題，是為皇帝讓位張居正制造理論根據。
尚書楊巍等人與他辯駁。
丁此呂被調出京都。
高啟愚被削免官籍。
後來的議論者又不斷攻擊居正。
皇帝下诏全部削免居正的官銜品級，剝奪從前賞賜的玺書、四代封贈的榮譽稱号，把居正的罪狀向天下公告，稱應當剖棺戮屍姑且寬免。
他的弟弟都指揮張居易，兒子編修張嗣修，都被發配戍守瘴氣缭繞的邊關。
迄萬曆朝末，沒有敢為居正辯白的。
熹宗時期，朝臣們漸漸追憶他。
鄒元标任都禦史，也稱贊居正，皇帝下诏恢複居正的原官職，允許祭祀他。
崇祯三年(1630)禮部侍郎羅喻義等人為居正訴訟冤屈。
皇帝命令部裡商議，恢複兩代的蔭庇和帝王的封贈稱号。
十三年，敬修的孫子同敞又奏請皇帝恢複世襲武職，并恢複敬修的官職。
皇帝授予同敞中書舍人的職位，下旨讓部裡議論敬修的事情。
尚書李日宣等人說“：先前的首輔張居正，接受遺诏輔治朝政，替皇帝的先祖供事十年。
任勞任怨，完善了法度和風紀，輔佐皇帝在萬曆初年治有所成。
當時朝廷内外治理安平，國内物産豐盛，綱紀法度沒有不嚴明的。
他對國家的功勳，天長日久已成定論，人們更加懷念他。
”皇帝同意了他們的奏議，恢複了敬修的官籍。
評論：徐階憑恭順殷勤被皇帝賞識，他城府大度，雖然頗弄權謀，但主要的行為不失正直。
高拱自诩有才識謀略，傲氣淩人。
等到他被馮保驅逐時，隻好乘簡陋無飾的破車走上歸途。
張居正通曉時世變化，敢于擔當事任。
神宗初年主持朝政，使國家由衰弱中振興，不能說沒有濟世的才幹。
操持顯赫大權後，幾乎威震皇帝，最終招緻死後禍患家嗣。
《尚書》講“大臣不要把皇帝的寵幸當作自己的成就事業”，可以不作訓誡嗎？